在線繪制Nature Communication同款兩組數(shù)據(jù)交集venn+Bar組合圖

導(dǎo)讀:將傳統(tǒng)維恩圖與條形占比圖相結(jié)合,在展示集合關(guān)系的同時,直接呈現(xiàn)各部分的數(shù)量與比例,避免了讀者的心算過程,提升了信息傳達的效率和準確性。

《Nature Communication》文章RNA-mediated condensation of TFE3 oncofusions facilitates transcriptional hub formation to promote translocation renal cell carcinoma. Fig 1h的Venn圖(Venn+bar)展示了兩種組學(xué)基因交集情況。上半部分是常規(guī)Venn圖,展示了樣品獨有(RIP-seq:2109;CUT&TAG:3454)和共有(1557)的基因數(shù);下半部分是條形圖,展示了獨有和共有基因占各自樣品基因的百分比。相較于傳統(tǒng)Venn圖,本圖在表達方式上更為直觀精煉,避免了需要根據(jù)venn圖中數(shù)字額外進行比例換算的步驟,提升了信息傳達的效率和準確性。

注:NC的這張圖上面的bar的42%竟然比58%還長,看來是隨手畫的。微生信網(wǎng)頁上是嚴格按照比例繪圖。

1,打開作圖URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_two_datasets_venn_diagram_plus_horizontal_bar_plot_285

圖2.兩數(shù)據(jù)集venn+bar圖繪圖頁面

2,示例數(shù)據(jù)

點擊圖片上方的示例數(shù)據(jù),下載,并使用excel打開。

圖3. 示例數(shù)據(jù)

示例數(shù)據(jù)包括兩列:第一列是geneset1的數(shù)據(jù)(gene),第二列是geneset2的數(shù)據(jù)(gene),一行一個。

注意:第一行加粗的geneset1geneset2不是數(shù)據(jù),不需要貼到數(shù)據(jù)輸入框中。

3,輸入檢查

示例數(shù)據(jù):點擊輸入框下面的“示例”按鈕,將載入示例數(shù)據(jù)。

真實數(shù)據(jù):數(shù)據(jù)放在excel中,調(diào)整好后,Ctrl+A選中數(shù)據(jù),Ctrl+C拷貝,Ctrl+V將數(shù)據(jù)粘貼到輸入框中。

圖4. 載入數(shù)據(jù),輸入檢查

然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對輸入數(shù)據(jù)進行檢查。若檢查不通過,請根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟,直到檢查通過(如下圖所示),然后可以繼續(xù)選擇其他參數(shù)。

圖5.輸入檢查

注:輸入檢查是新添加的功能,它會根據(jù)不同模塊的輸入要求,逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù),并給出提示,以確保數(shù)據(jù)符合模塊輸入要求。

4,選擇參數(shù)

圖6.繪圖參數(shù)

圖片大小

圖片寬度,高度。建議設(shè)置成一樣的。

字體大小

venn數(shù)據(jù)集名字的字體大小

venn每個部分顯示的數(shù)字的字體大小

bar百分比的字體大小

圖例標題字體大小

顏色

設(shè)置了venn圖左側(cè)填充色,中間交集填充色,右側(cè)填充色,以及venn圖中所顯示的數(shù)字的字體大?。粩?shù)據(jù)集名字和占比的字體顏色跟隨venn的填充色

其他

設(shè)置了venn圖填充的透明度(0完全透明,1完全不透明)

Bar相對于venn的寬度,增加該值,則bar的長度相應(yīng)增加

Venn是否成面積比例繪圖

選Yes則按照面積比例繪制venn;選No則按照1:1:1繪制venn?

字體:

設(shè)置了期刊雜志中最常用的兩種字體:Times New Roman和Arial

5,提交出圖

檢查通過,并且參數(shù)選好后,點擊“提交”按鈕,約1s后,會在頁面上顯示兩個集合交集的venn+bar組合圖。我們提供了pdf、svg兩種矢量圖,png、tiff兩種標量圖供大家下載使用,同時鏈接了獲得各部分元素的模塊。

圖7.預(yù)覽圖

可以使用acrobat illustrator等軟件編輯矢量圖(pdf或svg),進行組圖,調(diào)整文字位置,字體,添加說明等操作,以滿足個性化需求。

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