一、按照構(gòu)建的進(jìn)化樹排列蛋白序列
二、利用meme預(yù)測蛋白結(jié)構(gòu)
（網(wǎng)址：http://meme-suite.org/tools/meme）
注意這里提交的是根據(jù)進(jìn)化樹順序排列的蛋白序列
上傳序列的路徑不能出現(xiàn)中文
Advanced options可改模體寬度? 模體寬度我選了6-200，有的文章是直接按照默認(rèn)的寬度
找多少個(gè)模體時(shí)，先往大了輸，等確定模體數(shù)量后，再改成相應(yīng)的數(shù)量
如何確定尋找模體數(shù)量：E值大于0.05顯著的主題是不尋常的，模因顯示這些部分透明,應(yīng)舍棄，所以正確的數(shù)量應(yīng)是不透明的部分的數(shù)量。
有幾種結(jié)果格式，MEME HTML可在線查看結(jié)果
XML可導(dǎo)入TBtools進(jìn)行美化
三、TBtools美化結(jié)果圖
根據(jù)圖片內(nèi)容，一般選擇MAST XML文件進(jìn)行下載
下載方法：右鍵復(fù)制該文件下載地址，到迅雷下載
上傳xmL文件和list文件
list文件需把基因名稱一列列寫好（如圖），且與XML的基因名稱及順序一一對應(yīng)，如果名稱、順序不對應(yīng)將導(dǎo)致識(shí)別不出
top max motif to show改成相應(yīng)的數(shù)量，motif shape選rect,line style選down（down是線在下面，可根據(jù)自身需求）.其他默認(rèn)。
出來的結(jié)果可右鍵改顏色，顏色可吸取。然后存為PDF進(jìn)AI進(jìn)行修改。
進(jìn)化樹的PDF可采用以下步驟增強(qiáng)畫質(zhì)：
編輯-首選項(xiàng)-一般-使用固定分辨率來顯示快照工具圖像（改成720）
? ? ? ? ? ? ? ? ? ?-頁面顯示 -自定義分辨率（改成4800）
（固定分辨率時(shí)無法放大縮小，若需要放大縮小時(shí)可取消勾選）
