Day3學習軟件安裝

Linux安裝軟件，如果不手動安裝，則需要下載conda,然后利用conda安裝相關生信的軟件。

1.安裝Conda

• 關于conda的介紹
  Conda 是一個開源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，用于安裝多個版本的軟件包及其依賴關系，并在它們之間輕松切換。conda原來是為了python程序建立的，但后來與多個軟件包都能很好的轉換。conda可以從miniconda和anaconda進行安裝。但今天學習miniconda的安裝，miniconda比較適合非root用戶的安裝。
  miniconda是conda的一個免費的最小安裝程序。它是Anaconda的一個小的引導版本，只包含conda、Python、它們所依賴的包，以及少量其他有用的包，包括pip、zlib和其他一些包。使用conda安裝命令從Anaconda存儲庫安裝720+附加的conda包。
  
  相關信息
  
  miniconda官網(wǎng)鏈接https://conda.io/en/latest/miniconda.html
• 找到miniconda安裝的鏡像
  (https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/)

鏡像網(wǎng)站

首先了解一下鏡像：鏡像文件其實和ZIP壓縮包類似，它將特定的一系列文件按照一定的格式制作成單一的文件，以方便用戶下載和使用。

百度關于鏡像相關知識

需要選擇對應的版本，則需要知道服務器的版本類型，使用unname -n

查看版本

復制鏈接地址用于下載

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

開始安裝

得到文件夾.png

image.png

• 激活安裝的conda,出現(xiàn)像圖片中這樣就是激活成功

source ~/.bashrc
conda

激活

• 配置鏡像（主要是清華鏡像，提高運行速度）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

2.利用conda安裝生信相關的軟件

• 查看conda列表

conda list

查看列表

• 搜索需要的軟件

conda search fastqc

報錯

發(fā)生錯誤，查看錯誤，登陸不上，跳過直接安裝

• 安裝軟件

conda install fastqc 

或者添加版本號，后面加-y為自動下載

conda install fastqc=0.11.7 -y

安裝過程

安裝成功

也可以去到miniconda的bin目錄下使用ls -l查看fastqc是否安裝成功

fastqc存在bin中

• 卸載軟件

conda remove fastqc -y

發(fā)現(xiàn)卸載軟件也出現(xiàn)之前在搜索fastqc時出現(xiàn)的問題。

image.png

conda config --set allow_conda_downgrades true
conda install conda=4.6.14

修改報錯

刪掉fastqc安裝包

并且重新查找fastqc也可以用了

conda search fastqc

關于conda環(huán)境

https://www.cnblogs.com/dadream/p/10820379.html(相關知識）

• conda環(huán)境就是隔離不同的環(huán)境，通過虛擬環(huán)境實現(xiàn)，需要新建環(huán)境，激活環(huán)境，最后退出環(huán)境

conda  info --envs#列出所有環(huán)境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic#上面那一步報錯使用這一步
conda  info --envs
conda activate rna-seq
conda  info --envs
trimmomatic

當前的環(huán)境有

當前環(huán)境

• 建立新環(huán)境以及需要的軟件，查看新環(huán)境并激活

  
  
  新環(huán)境建立
  
  

  發(fā)現(xiàn)報錯

  
  
  報錯
  
  但是去掉后面的-y則安裝成功
  
  去掉自動安裝選項
  
  
  新環(huán)境創(chuàng)建成功
  
  
  激活環(huán)境
  
  
  查看安裝的相關軟件有說明表示激活成功
• 退出當前環(huán)境

conda deactivate

退出環(huán)境

• 進入環(huán)境source activate+環(huán)境名

source activate rna-seq

進入環(huán)境

思維導圖

思維導圖

今天的學習完成啦。