進(jìn)入5月份，微生信累計(jì)助力發(fā)表10000+篇文章，感謝大家的支持。（google scholar檢索“bioinformatics.com.cn”）

導(dǎo)讀：每個(gè)半圓的面積對(duì)應(yīng)差異基因的數(shù)量，上半圓為上調(diào)，下半圓為下調(diào)。多個(gè)半圓形并排排列，便于橫向比較不同處理組在調(diào)控方向與幅度上的整體差異，信息密度高且解讀直觀，化腐朽為神奇。

圖1.文章例圖

《Current Biology》文章A fungal transcription factor converts a beneficial root endophyte into an anthracnose leaf pathogen. Fig 6a展示了擬南芥Col-0根部在分別被每種真菌感染后，與模擬處理組相比，差異表達(dá)基因（DEGs）的數(shù)量。半圓的大小表示差異表達(dá)基因的數(shù)量（|log2FC| > 0.5，F(xiàn)DR < 0.05），上半圓表示上調(diào)基因，下半圓表示下調(diào)基因。這種設(shè)計(jì)不僅能在單一圖面內(nèi)高效整合多種真菌處理組的比較結(jié)果，還能清晰揭示上下調(diào)響應(yīng)的不對(duì)稱性，同時(shí)具備信息密度高、視覺簡(jiǎn)潔、節(jié)省空間等優(yōu)點(diǎn)，便于讀者快速識(shí)別不同病原體對(duì)宿主轉(zhuǎn)錄組重編程的總體影響及其策略差異。

注意：論文中使用的是半徑的比例，而非面積的比例。例如：513對(duì)應(yīng)的半圓的半徑大概60單位，2041對(duì)應(yīng)的半徑大概240單位，差不多4倍，與數(shù)值對(duì)應(yīng)。我們這里按照面積來繪圖。

1，打開作圖URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_2group_proportional_circle_area_chart_022

圖2.繪圖頁面

2，示例數(shù)據(jù)

點(diǎn)擊圖片上方的示例數(shù)據(jù)，下載，并使用excel打開。

圖3. 示例數(shù)據(jù)

示例數(shù)據(jù)包括3行：

第一行是名字，例如這里是3種真菌（vs mock）

第二行是up的差異基因數(shù)

第三行是down的差異基因數(shù)?

3，輸入檢查

示例數(shù)據(jù)：點(diǎn)擊輸入框下面的“示例”按鈕，將載入示例數(shù)據(jù)。

真實(shí)數(shù)據(jù)：數(shù)據(jù)放在excel中，調(diào)整好后，Ctrl+A選中數(shù)據(jù)，Ctrl+C拷貝，Ctrl+V將數(shù)據(jù)粘貼到輸入框中。

圖4. 載入數(shù)據(jù)，輸入檢查

然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對(duì)輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行檢查。若檢查不通過，請(qǐng)根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟，直到檢查通過（如下圖所示），然后可以繼續(xù)選擇其他參數(shù)。

圖5.輸入檢查結(jié)果

注：輸入檢查是新添加的功能，它會(huì)根據(jù)不同模塊的輸入要求，逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù)，并給出提示，以確保數(shù)據(jù)符合模塊輸入要求。建議每次提交前先進(jìn)行輸入檢查。

4，選擇參數(shù)

圖6.繪圖參數(shù)

圖片大?。?/b>

設(shè)置了圖片寬度和圖片高度。由于圖片會(huì)根據(jù)內(nèi)容自動(dòng)裁剪，因此最終圖片的寬度和高度不完全是所設(shè)定的值?

標(biāo)題：圖片的標(biāo)題，用于描述圖片所展示數(shù)據(jù)的什么?

字體大?。?/b>從上到下分別設(shè)置了標(biāo)題字體大小，分組字體大小，和數(shù)值字體大小?

顏色

分別設(shè)置了兩個(gè)半圓的顏色。

新加功能：解決配色難題

1，顏色集：提供了7種常見期刊的顏色集，點(diǎn)擊后，在該論文的顏色集中隨機(jī)挑選

2，隨機(jī)顏色：點(diǎn)擊“隨機(jī)”按鈕后，會(huì)隨機(jī)推薦2種顏色，點(diǎn)擊一次，隨機(jī)一次

3，自定義：可以粘貼空格分隔的16進(jìn)制顏色編號(hào)，例如#E64B35#4DBBD5

間隔和距離：

設(shè)置了不同組圓的間隔，間隔越大，則不同組的圓越分散

每組圓下面組名、數(shù)字距離三角形的距離大小?

字體：

設(shè)置了期刊雜志中最常用的兩種字體：Times New Roman和Arial。如需使用其他字體，可以下載pdf或者svg圖片，然后使用acrobat illustrator或者inkscape進(jìn)行編輯修改

5，提交出圖

檢查通過，并且參數(shù)選好后，點(diǎn)擊“提交”按鈕，約1s后，會(huì)在頁面上顯示上下半圓的差異基因數(shù)圖。我們提供了pdf、svg兩種矢量圖，png、tiff兩種標(biāo)量圖供大家下載使用。

圖7.預(yù)覽圖

請(qǐng)使用Acrobat Illustrator，inkscape等軟件編輯矢量圖（pdf或svg），進(jìn)行組圖，調(diào)整文字、圖像元素位置，字體，添加說明等操作，以滿足個(gè)性化需求。

圖8.左右樣式

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