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2020年1月的4分左右的生信文章，發(fā)表在[Front Oncol.]。期刊收費(fèi) A類文章US$ 2,490

摘要

由于目前尚無治愈性療法，因此對(duì)于轉(zhuǎn)移性卵巢癌和基底樣乳腺癌的新療法存在未滿足的需求。免疫療法已在多種實(shí)體瘤中表現(xiàn)出活性，但在確實(shí)存在預(yù)先激活的免疫狀態(tài)的腫瘤中尤其如此。在這項(xiàng)工作中，我們旨在鑒定可以區(qū)分免疫激活的腫瘤并預(yù)測(cè)對(duì)卵巢和基底樣乳腺癌的治療反應(yīng)以及它們與腫瘤免疫浸潤(rùn)水平的關(guān)系的生物標(biāo)志物。我們發(fā)現(xiàn)在晚期卵巢癌中，IFNG，CD30，CXCL13和PRF1的聯(lián)合表達(dá)與更好的總生存期（OS）相關(guān)。
使用來自TCGA的獨(dú)立數(shù)據(jù)集證實(shí)了這一點(diǎn)。有趣的是，我們觀察到該基因組合還預(yù)測(cè)了具有低突變負(fù)荷的卵巢腫瘤的更好預(yù)后，該突變負(fù)荷通常對(duì)免疫療法的反應(yīng)較小。 IFNG，CD30，CXCL13和PRF1的表達(dá)與腫瘤內(nèi)免疫浸潤(rùn)液（CD8 + T細(xì)胞，樹突狀細(xì)胞和嗜中性粒細(xì)胞）的水平升高有關(guān)。此外，我們發(fā)現(xiàn)這些基因標(biāo)記還與基底樣乳腺癌中的OS升高和腫瘤免疫浸潤(rùn)（B細(xì)胞，CD8 + T細(xì)胞，CD4 + T細(xì)胞，嗜中性粒細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞）水平升高相關(guān)?？傊?，我們的分析確定了具有識(shí)別免疫激活的卵巢癌和基底樣乳腺癌的潛力的基因特征，這些癌癥的預(yù)后良好，并且在低突變負(fù)荷的腫瘤中具有顯著的預(yù)測(cè)能力。提出的結(jié)果導(dǎo)致提出了一個(gè)假設(shè)，但需要前瞻性臨床研究來支持潛在的臨床應(yīng)用。

實(shí)驗(yàn)方法

1. 驗(yàn)證的轉(zhuǎn)錄組免疫特征
   使用了先前描述的三個(gè)基因集，即IFN，擴(kuò)展的免疫基因標(biāo)記，細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞（CTL）標(biāo)記以及HLA-A和HLA-B基因作為 他們已將其與預(yù)后相關(guān)聯(lián)，以研究組成不同特征的基因與卵巢癌和基底樣乳腺癌患者臨床結(jié)果的關(guān)系。
   2.分析（KM）繪圖的結(jié)果分析
   KM Plotter在線工具（http://www.kmplot.com）是一個(gè)公開可用的數(shù)據(jù)庫(kù)，用于研究已驗(yàn)證的免疫特征中不同基因的表達(dá)與卵巢癌患者臨床結(jié)局之間的關(guān)系。
   
   還挺好用
   
   3.通過TIMER估計(jì)選擇的基因的表達(dá)與腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞的關(guān)聯(lián)
   通過腫瘤免疫估計(jì)資源（B細(xì)胞，CD4 + T細(xì)胞，CD8 + T細(xì)胞，樹突狀細(xì)胞，巨噬細(xì)胞和嗜中性粒細(xì)胞）與所選基因表達(dá)之間的關(guān)聯(lián)進(jìn)行分析 TIMER）平臺(tái)，這是一個(gè)網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，其中包含TCGA中提供的10,897種來自不同癌癥類型的樣本。（https://cistrome.shinyapps.io/timer/
   ）
   
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結(jié)果分析

1.免疫特征選擇

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2.基于來自四個(gè)免疫特征的基因表達(dá)，對(duì)卵巢癌I + II和III + IV期進(jìn)行預(yù)后生存分析

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4.基因組合對(duì)總階段的卵巢癌患者預(yù)測(cè)和低突變負(fù)荷的卵巢腫瘤生存率的關(guān)系

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image.基底樣乳腺腫瘤的預(yù)后分析和免疫浸潤(rùn)水平png