今天主要學(xué)習(xí)了Linux操作系統(tǒng)下的軟件安裝，使用的軟件管理器為miniconda，按照流程一步步操作下來比較順利，中途有幾個(gè)小問題卡殼了一會(huì)兒，在此梳理一下整個(gè)流程用到的代碼以及需要注意的事項(xiàng)。

安裝miniconda流程及代碼

• 查看服務(wù)器的位數(shù)
  uname -a
• 進(jìn)入清華conda鏡像網(wǎng)站
  conda鏡像網(wǎng)站
• 找到對(duì)應(yīng)位數(shù)的最新版本
  即為Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 右鍵復(fù)制下載鏈接
• 進(jìn)入biosoft目錄
  cd biosoft
• 保存miniconda軟件
  運(yùn)行wget命令，后面粘貼上之前復(fù)制的下載鏈接
  （注意：在Linux系統(tǒng)里，鼠標(biāo)右鍵為粘貼）
• 安裝miniconda
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  
  安裝成功
• 激活miniconda
  source ~/.bashrc
• 添加鏡像
  全部復(fù)制下面的代碼到命令行，粘貼、回車
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes

開始使用miniconda

• 查看當(dāng)前所有軟件列表
  conda list
• 搜索軟件
  conda search fastqc（此處fastqc可替換為其他軟件名）
• 安裝軟件
  conda install fastqc -y（-y代表自動(dòng)安裝）
• 卸載軟件
  conda remove fastqc -y

conda 環(huán)境

• 查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境
  conda info --envs(前面帶有星號(hào)的就是默認(rèn)環(huán)境)
• 建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境，指定python版本是3
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  (以處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為例，同時(shí)安裝軟件 fastqc、trimmomatic）
• 激活新的conda環(huán)境
  conda activate rna-seq