問題
使用集群服務(wù)器進(jìn)行vcf樣本名修改時，下載并使用bcftools進(jìn)行這一操作，使用時報錯
bcftools: error while loading shared libraries: libgsl.so.25: cannot open shared object file: No such file or directory
解決
集群普通用戶，ldconfig等命令權(quán)限不夠，不過好像不影響問題的解決，下載對應(yīng)版本gsl之后安裝在lib庫內(nèi)應(yīng)該也能用
gsl庫的下載地址
wget --no-check-certificate https://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-2.5.tar.gz
gunzip gsl-2.5.tar.gz
tar -xf gsl-2.5.tar
cd gsl-2.5
# 在你要安裝的那個lib目錄下安裝gsl-2.5
mkdir ~/anaconda3/envs/gwas/lib/gsl2.5
./configure --prefix=~/anaconda3/envs/gwas/lib/gsl2.5
make
# 這一步需要一定時間
make install
cd ~/anaconda3/envs/gwas/lib/gsl2.5/lib
ll -ha
前面沒出問題的話應(yīng)該有以下文件在安裝目錄內(nèi)
drwxrwxr-x 3 11 Jan 25 10:09 .
drwxrwxr-x 6 4 Jan 25 10:01 ..
-rw-r--r-- 1 20M Jan 25 10:01 libgsl.a
-rw-r--r-- 1 1.7M Jan 25 10:01 libgslcblas.a
-rwxr-xr-x 1 992 Jan 25 10:01 libgslcblas.la
lrwxrwxrwx 1 20 Jan 25 10:01 libgslcblas.so -> libgslcblas.so.0.0.0
lrwxrwxrwx 1 20 Jan 25 10:01 libgslcblas.so.0 -> libgslcblas.so.0.0.0
-rwxr-xr-x 1 1.0M Jan 25 10:01 libgslcblas.so.0.0.0
-rwxr-xr-x 1 961 Jan 25 10:01 libgsl.la
lrwxrwxrwx 1 16 Jan 25 10:01 libgsl.so -> libgsl.so.23.1.0
lrwxrwxrwx 1 16 Jan 25 10:01 libgsl.so.23 -> libgsl.so.23.1.0
-rwxr-xr-x 1 12M Jan 25 10:01 libgsl.so.23.1.0
drwxrwxr-x 2 1 Jan 25 10:01 pkgconfig
不清楚為啥安裝后不是libgsl.so.25，沒搞懂命名規(guī)則，不過不影響，創(chuàng)建一個軟鏈接即可
cd ../.. # 回到gsl2.5所在的那個lib目錄
ln -s ./gsl2.5/lib/libgsl.so.23.1.0 ./libgsl.so.25
測試是否成功
bcftools --version
bcftools 1.19
Using htslib 1.19.1
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