0.寫在前面

研究這個(gè)軟件，主要是想利用它創(chuàng)建只有CDS區(qū)域的注釋文件以解決snpEff注釋軟件的局限性，希望能做到吧。
其具體的，多樣的功能見：https://github.com/NBISweden/AGAT

1.安裝

1.1. conda

直接conda無(wú)疑是最快，最省事的，如果不會(huì)卡在Solving environment: 的話

conda install -c bioconda agat
conda update agat

1.2.手動(dòng)

首先確認(rèn)環(huán)境下有perl，且版本高于5.8

conda env create -f conda_environment_AGAT.yml #創(chuàng)建一個(gè)新的虛擬環(huán)境
conda activate agat #激活
conda install perl-bioperl perl-clone perl-graph perl-lwp-simple perl-carp perl-sort-naturally perl-file-share perl-file-sharedir-install perl-moose perl-yaml perl-lwp-protocol-https #安裝依賴
git clone https://github.com/NBISweden/AGAT.git # Clone AGAT
cd AGAT                                         # move into AGAT folder
perl Makefile.PL                                # Check all the dependencies*
make                                            # Compile
make test                                       # Test
make install                                    # Install

1.3.Docker或Singularity

沒試過(guò)，但是需要額外安裝這兩個(gè)軟件中的一個(gè)，建議當(dāng)做最終手段

2.工具清單

agat --tools
路徑：~/software/AGAT/bin

所有工具前綴都是 agat_，隨后的sp_代表該工具是將文件全部讀入內(nèi)存再處理，sq_代表該工具是逐行讀入文件，不進(jìn)行完整性檢查（內(nèi)存友好型）