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1.簡介
官網(wǎng)：http://exac.broadinstitute.org
ExAC數(shù)據(jù)庫的全稱是（the Exome Aggregation Consortium，外顯子組整合數(shù)據(jù)庫）,該數(shù)據(jù)庫旨在匯總和協(xié)調(diào)各種大規(guī)模測序項目的外顯子組測序數(shù)據(jù)，并為更廣泛的科學界提供摘要數(shù)據(jù)。所有數(shù)據(jù)均基于GRCh37 / hg19。2016年8月，Nature刊登了一篇ARTICLE，主要重點就是哈佛-麻省理工Broad研究所的科學家公布了60706名不同種族個體的外顯子序列。整合了多個研究項目的外顯子集合協(xié)作組（ExAC）分析了來自不同祖先的共60706位個人的高質(zhì)量外顯子測序數(shù)據(jù),通過深度分析制作的人類遺傳變異數(shù)據(jù)庫ExAC并制定了每個序列變異的致病性的精確度量標準。研究鑒定了根據(jù)選擇壓力區(qū)別的突變類型；鑒定了3230個基因截短突變，其中72%的基因沒有與已知的人類疾病表型建立關(guān)系。ExAC數(shù)據(jù)庫可以用來過濾潛在的致病性突變，避免遺傳誤診以及發(fā)現(xiàn)更多遺傳性疾病的致病因素及根源提供了有力的工具。
1.1三大數(shù)據(jù)庫數(shù)量對比
1、1000 Genomes（共2,504個,全基因組和外顯子）
2、ESP（6,503個，僅外顯子）
3、ExAC（60,706個，僅外顯子）
從覆蓋全面性來說，ESP和ExAC僅覆蓋外顯子，顯然不如1000Genomes全面；從樣品數(shù)量上來說，毋庸置疑，ExAC有6萬多，而其他兩個都在千級，自然是ExAC數(shù)量占優(yōu)勢。但是，重要的事情說三遍，要知道，人群攜帶率是要分人種的，歐洲人的人群攜帶率和非洲的，必然有差異。
ExAC中人群分布
ExAC中包含的同類群組
2.2三大數(shù)據(jù)庫人種構(gòu)成對比：
1、1000 Genomes：AFR: African; AMR: Ad Mixed American; EAS: East Asian; EUR: European; SAS: South Asian
2、ESP6500：AFR: African; AMR: Ad Mixed American; EAS: East Asian; EUR: European; SAS: South Asian
3、ExAC：African/African American; AMR: American; EAS: East Asian; FIN: Finnish; NFE: Non-Finnish European; SAS: South Asian; OTH: Others)
從上圖，可以看出，ExAC數(shù)據(jù)庫，60,706這個數(shù)字里面，European，也就是歐洲人占了最大比例，約4萬；對于中國人群，參考價值最大的East Asian，東亞人（日本、臺灣為主）數(shù)量最少，不到5千。
2. 搜索
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2.1基本信息
顯示了基因相關(guān)信息，以及相關(guān)外部鏈接
2.2突變類型統(tǒng)計
基因突變類型統(tǒng)計，其中LoF包含：Nonsense, splice acceptor, and splice 突變。具體可以查看FAQ
第一列是變異類型
第二列是預期變異數(shù)目
第三列是檢測到的變異數(shù)目（AF<0.0001）
-
第四列是約束指標。對于同義和錯義，我們?yōu)橛^察到的計數(shù)與預期數(shù)量的偏差創(chuàng)建了一個帶符號的Z分數(shù)。陽性Z分表示增加的約束（對變異的不耐受），因此該基因具有比預期更少的變體。對具有比預期更多變異的基因給予負Z分數(shù)。
2.3Gene summary
箭頭1所指是突變在基因上的覆蓋率
箭頭2所指是在外顯子上的分布
箭頭3所指是CNV分布
2.4具體變異信息
第一列變異類型，第二列所在染色體，第三列染色體上的位置，第四列變異造成的氨基酸的改變情況，第四列過濾信息，第五列變異類型
2.5變異信息
點開其中的一條變異信息，可以看到，這個變異在各種人群中的突變頻率，用于基因篩選。
3.注釋
一般使用ANNOVAR進行exac注釋
table_annovar.pl ZWJ-A_indel.avinput /home/yang.zou/database/humandb_new/ -buildver hg19 -out myanno -remove -protocol refGene,snp138,1000g2014oct_eas,exac03 -operation g,f,f,f -nastring NA -outfile ZWJ-A_inde
得到突變在各種人群中的頻率。
ExAC_ALL所有人群
ExAC_AFR 非洲/非裔美國人
ExAC_AMR拉丁美洲人
ExAC_EAS東亞人
ExAC_FIN芬蘭人
ExAC_NFE非芬蘭歐洲人
ExAC_OTH 其他人群
ExAC_SAS南亞人
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