- 能量最小化不夠，增加minimize的步數(shù)。能量最小化3000步一般是足夠的，不必把能量最小化至收斂的情況，那樣意義不大。消除一些明顯不合理的構(gòu)象就足矣。
- 能量最小化已經(jīng)充分進(jìn)行，還出現(xiàn)這個(gè)問題，那么說明模擬計(jì)算的步長(zhǎng)過大，這樣導(dǎo)致一些原子會(huì)在模擬進(jìn)算出挨得過近，然后在下一步勢(shì)能計(jì)算中受到過大的斥力被彈開，從而產(chǎn)生很高的速度。減小步長(zhǎng)即可。這個(gè)情況發(fā)生在氣相中較多，合適的步長(zhǎng)是0.5 fs，液相的模擬1- 2 fs 都是合適的。
- 周期邊界的情況下，如果周期單元的尺寸設(shè)置得過小的話，亦會(huì)出現(xiàn)這種情況，應(yīng)當(dāng)在元胞間留出適當(dāng)?shù)目障丁?/li>
- 如果周期邊界留出了足夠的空隙仍然無效，在設(shè)置文件中把margin的值設(shè)得更大一些，如將其值設(shè)置為3。
轉(zhuǎn)-NAMD中原子速度過快的問題
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