本周最新文獻(xiàn)速遞20211205
一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一
文獻(xiàn)題目： Large-scale integration of the plasma proteome with genetics and disease
不想看英文題目： 血漿蛋白質(zhì)組、基因組、疾病的大規(guī)模整合分析
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
研究意義： 全基因組關(guān)聯(lián)研究 (GWAS) 發(fā)現(xiàn)多個變異與疾病相關(guān)，但變異如何影響疾病一直未被很好的解釋，利用血漿蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)有助于解釋變異與疾病之間的致病機(jī)制；
結(jié)論：
- 數(shù)據(jù)總共包括 35,559 名冰島人，4,719 種蛋白質(zhì)， 2720 萬個變異位點(diǎn)；
- 通過對蛋白質(zhì)水平和變異位點(diǎn)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，發(fā)現(xiàn) 18,084 個 pQTL 與4,631 種蛋白質(zhì)顯著相關(guān)（P< 1.8 × 10-9），其中 1,881 個為順式(±1 Mb)，16,203 個為反式，順式和反式 pQTL 分別有 67% 和 96% 未被報(bào)告過；
- 在 1,881 個順式 pQTL 中，632 個 pQTL 與 eQTL 位點(diǎn)存在高度連鎖不平衡（LD）， 72% 的 eQTL 與 pQTL的方向一致。在 16,203 個為反式 pQTL 中，38 個 pQTL 與 50 多種蛋白質(zhì)相關(guān)，這類反式 pQTL 主要與老年黃斑性病變、低密度脂蛋白膽固醇水平等相關(guān)；
- 整合 pQTL 和 GWAS Catalog 的 45,334 個變異-表型關(guān)聯(lián)結(jié)果，發(fā)現(xiàn) 5,458 (12%) 個變異與 pQTL 存在高 LD, 其中 1,223 為順式 pQTL。在 1,223 個順式 pQTL中，有 632 個 pQTL 為非編碼/剪接的變異位點(diǎn)（這里簡稱為PAV，表示改變蛋白質(zhì)的變異位點(diǎn)），說明 pQTL 位點(diǎn)有助于疾病的解釋。以 pQTL 位點(diǎn) rs6059655 為例，該位點(diǎn)在 ASIP 基因的上游，與色素沉著和皮膚癌風(fēng)險相關(guān)，且同時為 ASIP 的 eQTL 位點(diǎn)，說明該位點(diǎn)支持 ASIP 基因?yàn)槠つw癌潛在的因果基因；
- 對具有組織和細(xì)胞特異性的基因 pQTL 進(jìn)行研究，發(fā)現(xiàn)這類 pQTL 主要影響膽結(jié)石（CYP7A1、FGF19）、阿爾茨海默?。═REM2）等疾病；
- 利用雙向孟德爾隨機(jī)化分析，進(jìn)一步探究蛋白質(zhì)水平的改變是疾病的結(jié)果還是病因。發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)水平與多種疾病具有因果關(guān)系。以銀屑病的結(jié)果為例，雙向孟德爾隨機(jī)化分析的結(jié)果表明 DEFB4A 不直接參與銀屑病的發(fā)病機(jī)制，其蛋白質(zhì)水平的改變是銀屑病的結(jié)果；
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00978-w
公開的資料：
- pQTL summary 數(shù)據(jù)：https://www.decode.com/summarydata/
二、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 二
文獻(xiàn)題目： Atlas of RNA editing events affecting protein expression in aged and Alzheimer’s disease human brain tissue
不想看英文題目： 影響老年人和阿爾茨海默病人腦組織蛋白質(zhì)水平的 RNA 編輯事件圖譜
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
研究意義： RNA 編輯是 RNA 成熟的一個特征，最常見的 RNA 編輯是 A-to-I 編輯（腺苷到肌苷）。這些 RNA 編輯可在阿爾茨海默病 (AD)中發(fā)生，盡管發(fā)現(xiàn)了很多腦 RNA 編輯位點(diǎn)，但還沒有系統(tǒng)地分析哪些 RNA 編輯位點(diǎn)與 AD 相關(guān)或參與 AD 的病理過程；
結(jié)論：
- 總共納入了 1074 名受試者、9 個大腦區(qū)域、 1865 個樣本進(jìn)行 RNA 編輯事件的分析；
- 分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)大多數(shù) RNA 編輯為 A-to-I：90% 為 A-to-G 和 T-to-C，5% 為 C-to-T 和 G- to-A。在 112,779 個 A-to-I RNA 編輯事件中，58,761 (52%) 個以前沒有被報(bào)告過；
- 對 RNA 編輯事件在大腦不同區(qū)域的分布進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)大多數(shù) RNA 編輯事件存在于≥2 個大腦區(qū)域中，且 RNA 編輯水平在大腦區(qū)域存在差異：后扣帶皮層 (PCC) RNA 編輯水平高于前扣帶皮層 (AC) 和背外側(cè)前額葉皮層 (DLPFC)；BM10、22 和 44 高于 BM36；小腦 (CBE) 高于皮層 (TCX)；
RNA 編輯水平=編輯的等位基因數(shù)/總等位基因數(shù)（參考 + 編輯的等位基因）
- UTR 上的 RNA 編輯被報(bào)道影響 RNA 轉(zhuǎn)錄和蛋白質(zhì)水平，為此，作者研究了兩類 RNA 編輯事件的功能特性：（1）非編碼 RNA 編輯事件（non-coding）： 主要為 UTR 上影響轉(zhuǎn)錄和蛋白質(zhì)水平的 RNA 編輯事件；（2）重編碼 RNA 編輯事件（re-coding）：改變氨基酸編碼的 RNA 編輯事件。
- 與非編碼 RNA 編輯事件相比，重編碼的 RNA 編輯事件對基因和轉(zhuǎn)錄本的影響較弱。
- 與位于 5'UTR、外顯子和 3'UTR 中的事件相比，內(nèi)含子非編碼編輯事件對表達(dá)水平影響較??；
- 對 RNA 編輯事件 和 AD 進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析 ，發(fā)現(xiàn)有六個基因座上的 RNA 編輯與 AD 顯著相關(guān)：SYT11（chr1：155851645，P ?= 2.94 × 10-10），MCUR1（chr6：13788361，P ?= 1.66×10-9），SOD2（chr6：160100882，P ?= 1.96×10-11），ORAI2（chr7：102096952，P ?= 4.8 × 10-7）、HSDL2（chr9:115237504，P ?= 5.49 × 10-7）和 PFKP（chr10:3168677，P ?= 1.08 × 10-7）。
- 在性別分層分析中，僅 GPRC5B （chr16:19876365，P ?= 2.79 × 10-7）的編輯事件在女性中與 AD 顯著相關(guān)。
- 以上基因中，除了 SOD2 ，其余基因在大腦中的基因表達(dá)均與 RNA 編輯事件顯著相關(guān)。另外，SYT11、MCUR1 和 GPRC5B 的編輯事件與蛋白質(zhì)水平顯著相關(guān)。值得注意的是，ADAR 基因的表達(dá)水平與以上基因多個 RNA 編輯事件顯著相關(guān)，說明 ADAR 可能通過 RNA 編輯事件參與 AD 過程；
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27204-9
公開的資料：
三、其他文獻(xiàn)推薦
下面的文獻(xiàn)也挺精彩的，但由于下不到原文，或博主時間有限，沒法精細(xì)解讀，故列出來供各位參閱；
當(dāng)然，你們有精彩的文獻(xiàn)想讓我解讀的（前提是一周內(nèi)剛出爐的文獻(xiàn)），可給我發(fā)pdf（然而可能種種原因，我不一定有時間解讀，不要對我抱太高期待）；
文獻(xiàn)題目： Genetic and functional evidence links a missense variant in B4GALT1 to lower LDL and fibrinogen
不想看英文題目： 遺傳和功能實(shí)驗(yàn)證明 B4GALT1 中的錯義變異與低 LDL 和纖維蛋白原相關(guān)
雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章鏈接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abe0348
文獻(xiàn)題目： Subclone-specific microenvironmental impact and drug response in refractory multiple myeloma revealed by single‐cell transcriptomics
不想看英文題目： 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示難治性多發(fā)性骨髓瘤的亞克隆特異性微環(huán)境影響和藥物反應(yīng)
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-26951-z
文獻(xiàn)題目： Heterochromatin is a quantitative trait associated with spontaneous epiallele formation
不想看英文題目： 異染色質(zhì)為自發(fā)表觀等位基因相關(guān)的數(shù)量性狀
表觀等位基因: 指僅由DNA甲基化差異引起的表達(dá)量不同的等位基因。
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27320-6
文獻(xiàn)題目： Dynamic prostate cancer transcriptome analysis delineates the trajectory to disease progression
不想看英文題目： 動態(tài)前列腺癌轉(zhuǎn)錄組分析揭示疾病進(jìn)展軌跡
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-26840-5
文獻(xiàn)題目： Mapping the serum proteome to neurological diseases using whole genome sequencing
不想看英文題目： 血清蛋白質(zhì)組的遺傳景觀及其與神經(jīng)系統(tǒng)疾病的聯(lián)系
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27387-1
文獻(xiàn)題目： Spatial Transcriptomics to define transcriptional patterns of zonation and structural components in the mouse liver
不想看英文題目： 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)定義小鼠肝臟分區(qū)和結(jié)構(gòu)成分的轉(zhuǎn)錄模式
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27354-w
文獻(xiàn)題目： Dissecting the Shared Genetic Architecture of Suicide Attempt, Psychiatric Disorders, and Known Risk Factors
不想看英文題目： 剖析自殺未遂、精神疾病和已知危險因素的共同遺傳結(jié)構(gòu)
雜志和影響因子： Biol Psychiatry (IF: 13.38; Q1)
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34861974/
文獻(xiàn)題目： Genetic variation in YIGE1 contributes to ear length and grain yield in maize
不想看英文題目： YIGE1 的遺傳變異對玉米穗長和籽粒產(chǎn)量的影響
雜志和影響因子： New Phytol (IF: 10.15; Q1)
文章鏈接：
https://doi.org/10.1111/nph.17882
文獻(xiàn)題目： Epigenome-wide association study of alcohol consumption in N = 8161 individuals and relevance to alcohol use disorder pathophysiology: identification of the cystine/glutamate transporter SLC7A11 as a top target
不想看英文題目： 飲酒的表觀基因組關(guān)聯(lián)研究及其與酒精使用障礙的相關(guān)性
雜志和影響因子： Mol Psychiatry (IF: 15.99; Q1)
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34857913/
四、工具或資源類介紹
文獻(xiàn)題目： msRepDB: a comprehensive repetitive sequence database of over 80 000 species
不想看英文題目： msRepDB：超過 80000 個物種的綜合重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫
雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1089/6447247
文獻(xiàn)題目： MarkovHC: Markov hierarchical clustering for the topological structure of high-dimensional single-cell omics data with transition pathway and critical point detection
不想看英文題目： MarkovHC：用于檢測高維單細(xì)胞組學(xué)數(shù)據(jù)細(xì)胞分層、細(xì)胞群識別、細(xì)胞軌跡和臨界點(diǎn)的馬爾可夫?qū)哟尉垲惸Ｐ?/p>
雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1132/6447264
文獻(xiàn)題目： HDMC: a novel deep learning based framework for removing batch effects in single-cell RNA-seq data
不想看英文題目： HDMC：用于消除單細(xì)胞 RNA-seq 數(shù)據(jù)中批次效應(yīng)的深度學(xué)習(xí)框架
雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章鏈接：
文獻(xiàn)題目： TreeAndLeaf: an R/Bioconductor package for graphs and trees with focus on the leaves
不想看英文題目： TreeAndLeaf：用于圖形和樹葉的 R/Bioconductor 包
雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章鏈接：
文獻(xiàn)題目： Isoform-level Quantification for Single-Cell RNA Sequencing
不想看英文題目： 單細(xì)胞 RNA 測序的 Isoform 定量方法
雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btab807/6448218
文獻(xiàn)題目： Make Interactive Complex Heatmaps in R
不想看英文題目： 在 R 中制作交互式復(fù)雜熱圖
雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btab806/6448211
文獻(xiàn)題目： recount3: summaries and queries for large-scale RNA-seq expression and splicing
不想看英文題目： recount3：大規(guī)模 RNA-seq 表達(dá)和剪接的總結(jié)和查詢
雜志和影響因子： Genome Biol (IF: 10.81; Q1)
文章鏈接：
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02533-6
致謝橙子牛奶糖（陳文燕），請用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
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