本次筆記內(nèi)容：

• fill =的位置： ggplot(aes(fill = )) & geom_boxplot(fill = ) & geom_boxplot(aes(fill = ))
• jitter(回避) 和 dodge(抖動)
• scale_fill_manual() 的設(shè)置

fill的位置

在ggplot()主體，或者geom_XX()中設(shè)置fill/color這樣的屬性參數(shù)，需要注意在ggplot(aes(color=..., fill = ...))中為對整體圖像的屬性設(shè)置，在geom_XXX會繼承所有在ggplot()主體中的設(shè)置。

boxplot可以在ggplot(aes(fill = ...))中設(shè)置箱子填充情況，也可以在geom_boxplot(aes(fill = ...))中設(shè)置。如下兩個代碼Output圖是一樣的。

# 注意所有的分類變量要做成factor
ToothGrowth$dose = as.factor(ToothGrowth$dose)
ggplot(data = ToothGrowth, aes(x = dose, y = len, fill = supp)) +
  geom_boxplot() +
  scale_fill_manual(values = brewer.pal(3,"Set1")[c(1,2)])

ggplot(data = ToothGrowth,aes(x = dose, y = len)) +
  geom_boxplot(aes(fill = supp)) +
  scale_fill_manual(values = brewer.pal(3,"Set1")[c(1,2)])

下面兩個圖是一樣的output，fill不能重復(fù)指定。注意第二塊代碼，雖然在aes(fill=)里設(shè)置了按supp變量來設(shè)置顏色，但是因?yàn)間eom_boxplot(fill = )設(shè)置，不能按supp變量區(qū)分顏色。（...這是為啥？？）

第三個會報(bào)錯。aes(fill = )和外面的fill不能同時使用。

ggplot(data = ToothGrowth,aes(x = dose, y = len)) +
  geom_boxplot(fill = brewer.pal(3,"Set1")) 

ggplot(data = ToothGrowth,aes(x = dose, y = len, fill = supp)) +
  geom_boxplot(fill = brewer.pal(3,"Set1")) 

ggplot(data = ToothGrowth,aes(x = dose, y = len)) +
  geom_boxplot(aes(fill = supp), fill = brewer.pal(3,"Set1")[c(1,2)])
# Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (3): fill

dodge(抖動)和jitter(回避)

dodge是在geom_boxplot()(其它比方說geom_bar也可以)中設(shè)置的，用于調(diào)節(jié)box之間的水平距離。注意如果不是如下所示這樣的分組，比方說每組只對應(yīng)一個box，那position的參數(shù)會被忽略。

# 一下使用position_dodge(), 在geom_boxplot中調(diào)節(jié)box的水平位置
ggplot(data = ToothGrowth,aes(x = dose, y = len)) +
  geom_boxplot(aes(fill = supp), position=position_dodge(1))

# 以下使用了position_jitter(), 只調(diào)節(jié)點(diǎn)的抖動程度
ggplot(data = ToothGrowth,aes(x = dose, y = len)) +
+     geom_boxplot(position=position_dodge(1)) +
+     geom_point(position = position_jitter(0.1))

# 以下使用position_jitterdodge(), 在已經(jīng)有dodge屬性的boxplot中使用，
ggplot(data = ToothGrowth,aes(x = dose, y = len, fill = supp)) +
  geom_boxplot() +
  geom_point(position = position_jitterdodge())

# 如果沒有dodge屬性，如下所示，去掉主體中的fill，則報(bào)錯，提示需要至少一個dodge的依據(jù)
ggplot(data = ToothGrowth,aes(x = dose, y = len)) +
  geom_boxplot()  + 
  geom_point(position = position_jitterdodge())
# Error: `position_jitterdodge()` requires at least one aesthetic to dodge by

# 還有一種geom_jitter()
ggplot(...) +
  geom_boxplot(..) +
  geom_jitter(width=0.1)  # 用width調(diào)節(jié)抖動的幅度

另外position_jitterdodge()的參數(shù)可以設(shè)置，如jitter.width, jitter.height, dodge.width

scale_fill_manual()的設(shè)置

ggplot(data = ToothGrowth,aes(x = dose, y = len, fill = supp)) +
  geom_boxplot() +
  scale_fill_manual(values = brewer.pal(3,"Set1")[c(1,2)])

# scale_fill_maual(可以自定義fill變量的名稱及其分類的名稱。除了在theme()里修改legend, 也可以在這里修改)
ggplot(data = ToothGrowth,aes(x = dose, y = len, fill = supp)) +
  geom_boxplot() +
  scale_fill_manual(values = brewer.pal(3,"Set1")[c(1,2)], 
                    name = "my", 
                    labels = c("OJ" = "OJ_my", "VC" = "VC_1"))

總之：

• 最好只在同一個地方使用fill = ,設(shè)置哪個變量需要使用不同顏色區(qū)分。在ggplot(aes(fill = ))主體部分使用似乎不錯，不容易弄混。在geom_boxplot()里只用設(shè)置箱子的屬性就好，注意不要重復(fù)賦值。
• 畫比較復(fù)雜的圖時，要小心分面可能對圖各種屬性的影響。
• 顏色最好也用scale_系列單獨(dú)設(shè)置
• ...寫完自己都覺得很傻，ggplot2雖然細(xì)節(jié)都可以照顧到，但是太折騰了...恨不得用AI手工調(diào)整=_=這么麻煩的話去看看ggpubr和python作圖算了...

參考：
https://ggplot2.tidyverse.org/reference/position_dodge.html
https://ggplot2.tidyverse.org/reference/position_jitterdodge.html