Day 3 Linux環(huán)境下軟件的下載和安裝
思維導(dǎo)圖
準(zhǔn)備工作
1.確認(rèn)壓縮軟件bzip2；
若沒有,需要 yum install -y bzip2安裝
2.Miniconda 的下載及安裝---最方便的軟件下載器
瀏覽器搜索Miniconda找到linux64-bit-python3.7對(duì)應(yīng)的版本→右鍵-復(fù)制下載鏈接
cd biosoft→ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（復(fù)制粘貼為鼠標(biāo)左鍵及右鍵）。eg：sh是腳本（文件的后綴，也就是說其實(shí)這是一個(gè)下載的腳本，wget為下載命令
bash 運(yùn)行腳本命令
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活 source ~/.bashrc
添加鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
miniconda的使用
查看所有軟件列表：conda list
搜索軟件fastqc：conda search fastqc
安裝fastqc: conda install fastqc -y
卸載fastqc: conda remove fastqc -y
eg: -y表示自動(dòng)安裝
conda環(huán)境
查看環(huán)境 conda info --envs
很具需要設(shè)置不同的環(huán)境，這里以RNA-seq為例
conda create -n rna-seq python=3 fastac trimmomatic -y
此時(shí)默認(rèn)的環(huán)境還是base，我們需要激活一下新的環(huán)境
conda activate rna-seq
卸載環(huán)境中的軟件
conda remove -n rna-seq fastac -y
卸載整個(gè)環(huán)境需先退出環(huán)境conda deactivate,再卸載環(huán)境conda remove -n rnaseq -all
學(xué)習(xí)體驗(yàn)
今天的學(xué)習(xí)時(shí)間充分一些，早上又把昨天的代碼演示了一遍，感覺很舒服。今天的內(nèi)容學(xué)起來也很順，不像是昨天那么慌亂了。
小發(fā)現(xiàn)
發(fā)現(xiàn)自己在寫代碼的時(shí)候，能夠全身心投入而且不會(huì)累！??！
