GDSC數(shù)據(jù)庫(kù)使用（分析基因表達(dá)量與藥物敏感性影響）

  1. 數(shù)據(jù)下載：不要下載raw data

  2. 處理下載后的數(shù)據(jù)

    • Step 1 - 使用perl程序-整理“expression”和“drug兩個(gè)數(shù)據(jù)表格，”將表達(dá)數(shù)據(jù)+藥物的IC50數(shù)據(jù)整理成，橫行為細(xì)胞COSMIC的ID，列為IC50/基因名字

    • Step 2 - 按基因檢索：使用R語(yǔ)言程序提取“某個(gè)基因”在不同細(xì)胞系的IC50情況,最后會(huì)生成一個(gè)表：基因與藥物IC50的關(guān)系，co r>0表示呈現(xiàn)正相關(guān)，基因表達(dá)越高，IC50越大，表明高表達(dá)耐藥。（之需要在R腳本中改寫文件位置以及基因名稱運(yùn)行R與語(yǔ)言即可。）

      文件位置/Users/xiangyu/Documents/GDSC/GDSC6_geneCor只需要點(diǎn)開R腳本，修改待查找的基因名稱就可以查詢信息，需要幾分鐘運(yùn)行。<mark style="box-sizing: border-box; background-color: rgb(255, 255, 0); color: rgb(0, 0, 0);">可以查該基因表達(dá)與藥物耐藥的關(guān)系</mark>
      /Users/xiangyu/Documents/GDSC/GDSC8_cancer/geneCor<mark style="box-sizing: border-box; background-color: rgb(255, 255, 0); color: rgb(0, 0, 0);">可以查該基因表達(dá)在特定腫瘤中的與藥物耐藥的關(guān)系</mark>只需要更改R腳本中的基因名稱

    • Step 3 - 按藥物檢索：結(jié)果會(huì)顯示一個(gè)藥物中IC50與哪些基因有關(guān)

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