進(jìn)入NCBI官網(wǎng)后選擇GEO，輸入GSE183976，進(jìn)入數(shù)據(jù)下載頁面。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE183976
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點(diǎn)擊SRA Run Select選項(xiàng)，進(jìn)入fastq數(shù)據(jù)下載頁面。
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進(jìn)來后我們可以看到很多的樣本和它們對應(yīng)的原始數(shù)據(jù)。
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由于數(shù)據(jù)太大，這里只下載第一個進(jìn)行演示。下載的話我們可以用sra-tools中的 prefetch命令。
prefetch SRR15859344 &
如果需要一次需要下載多個數(shù)據(jù)的話可以下載
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這個文件里面有所有的文件ID號
cat SRR_Acc_List.txt | while read id;do (prefetch ${id});done
也可以自己寫個腳本進(jìn)行下載。
或者我們也可以點(diǎn)擊那個樣本名后，進(jìn)入下面的頁面用wget直接進(jìn)行下載
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其實(shí)也可以用迅雷直接下載的，速度很快，我一般就直接在這里用迅雷下載……
二、數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換：SRA文件轉(zhuǎn)換為fastq文件
ls /public/project/RNA/sra/* |while read id; do (fastq-dump --gzip --split-3 -O ./ ${id} &); done
這樣我們就下好數(shù)據(jù)并轉(zhuǎn)換為fastq文件了，并用于下面的數(shù)據(jù)分析。
RNA-seq入門
RNA-seq入門（一）數(shù)據(jù)下載和格式轉(zhuǎn)換
