下載SRA數(shù)據(jù)技巧

假如你要下載PRJNA310071的所有SRA數(shù)據(jù)，你可以通過下面命令獲取全部的SRR id
前提是你得安裝entrez direct 工具包
command：wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/edirect.zip

獲取SRR id：
esearch -db sra -query PRJNA310071 |efetch -format runinfo >runinfo.txt

cat runinfo.txt | cut -f 1 -d "," >SRR.ids

download command: prefetch --option-file SRR.ids

transform format command：cat SRR.ids |sed 's/SRR/fastq-dump --split-files SRR/' |bash

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