作者，Evil Genius
今天2024年5月21日，凌晨，也就是昨晚，又一個鮮活的生命在太原從橋上跳下。
往事不堪回首
今天我們來學習空間軌跡
空間軌跡包括空間基因軌跡和細胞軌跡、甚至包括CNV軌跡
關于空間軌跡也寫了很多，列在下面
時空軌跡分析導論
空間轉錄組之空間基因和細胞軌跡
10X空間轉錄組數(shù)據分析之CNV軌跡層級
時空軌跡和空間細胞相互作用
與單細胞不同，單細胞軌跡主要是用來研究細胞的發(fā)育分化方向，但是空間軌跡主要是來研究TME，具體的做法就是研究某個區(qū)域隨著距離的擴大，基因表達或者細胞含量的變化，如下圖：
諸多文章用到了這個方法，以前在分享SPATA2的時候，有介紹到軌跡分析的內容，如下圖：
但是SPATA2需要人為指定起點和終點，很不智能，且離我們想要的結果差距較遠，尤其用代碼指定起始位置和終止位置的時候。
今天我們要分享一個更為準確的方法，即我們指定一個區(qū)域，這個區(qū)域可以是聚類的cluster（分子聚類或者細胞聚類），也可以是人為劃定的一個區(qū)域（比如腫瘤區(qū)域，間質區(qū)域，免疫區(qū)域等），指定后隨著邊界的擴大，查看基因或者細胞含量的變化，拿到如下的結果圖。
學習到新的方法大家要活學活用，不要死搬硬套，流水線式的操作。
我們以一個數(shù)據為例：
指定一個固定區(qū)域，注意這里用到了空間坐標，且無縫兼容10X的空間數(shù)據
然后計算軌跡，以PCP4基因為例,同樣可以計算細胞含量變化
基因的空間展示
