前面我們已經(jīng)拿到了差異表達(dá)基因以及WGCNA與腫瘤最相關(guān)的兩個(gè)模塊里的基因，下面我們就從這些基因中找到文章標(biāo)題中的那3個(gè)關(guān)鍵基因：AURKA, TOP2A and MELK；
首先看一下文章是怎么找的：
- 分別用兩個(gè)模塊里的基因與差異表達(dá)基因取交集；
- STRING網(wǎng)站做PPI;
- Cytoscape里的cytohubba排名靠前的基因；
- GEPIA網(wǎng)站使用TCGA和GTEx數(shù)據(jù)做表達(dá)，生存分析等；
一、基因取交集
這里其實(shí)就是一個(gè)韋恩圖，這里推薦一個(gè)在線工具：https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
將我們的差異基因以及yellow模塊的HUB基因分別粘貼到1和2處；
點(diǎn)擊右邊圖形中的相交處（3位置），在4位置就會(huì)顯示相交的163個(gè)基因；
這里只展示yellow模塊基因，turquoise模塊用同樣的方法取交集；
二、PPI分析
STRING網(wǎng)站做PPI分析，這里也只展示yellow模塊基因與DEG的交集基因；
cytoscape找key gene；
沒有做過這類分析的朋友可以參考下我前面的筆記：使用STRING數(shù)據(jù)庫進(jìn)行PPI分析；
我們用差異表達(dá)基因和yellow模塊里的相交基因，使用cytoscape軟件里的cytohubba插件，排名靠前的12個(gè)基因包含文章標(biāo)題中的三個(gè)基因；
三、GEPIA網(wǎng)站驗(yàn)證關(guān)鍵基因
在GEPIA網(wǎng)站中做表達(dá)及生存分析：http://gepia.cancer-pku.cn/
1 表達(dá)分析
這里只展示TOP2A的表達(dá)情況，排名前12個(gè)基因按同樣的方法，在正常組織和腫瘤組織中均是顯著差異表達(dá)的；
2 生存分析
TOP2A基因?qū)UAD預(yù)后有顯著影響；
最后，文章通過RT-qPCR和WB實(shí)驗(yàn)最后確定AURKA, TOP2A和MELK這三個(gè)基因的基因表達(dá)水平和蛋白表達(dá)水平均顯著差異表達(dá)；
小結(jié)：
本篇文章通過差異分析，WGCNA分析，功能富集分析，PPI分析以及簡(jiǎn)單的實(shí)驗(yàn)表達(dá)分析，找出LUAD的三個(gè)Key gene，感興趣的朋友可以換個(gè)腫瘤，換個(gè)數(shù)據(jù)集，按前面的步驟挖掘自己需要的數(shù)據(jù)吧。
往期文章復(fù)現(xiàn)：
