Batch SMART 是 TBtools 的 插件一號(hào)。發(fā)布之后，感興趣的人確實(shí)很多。說實(shí)話，不需要去看郵箱里增加多少郵件，也不需要QQ群里有多少人反應(yīng)。只看 SMART 網(wǎng)站現(xiàn)在的負(fù)載就知道了。在前幾天，我最多排位到 position 3【注：其實(shí)前兩個(gè)任務(wù)也是我的】。然而今天只要提交序列，一定是 position 10 開外。難道，大家都知道 SMART 好，然而確實(shí)沒有便捷地方法去批量化，于是壓抑太久？
補(bǔ)充，推文寫完了，收到一個(gè)用戶的郵件，看了下報(bào)錯(cuò)信息：
..... It's all my fault?!
寫在前面
Anyway，正如前面推文所述，Batch SMART 事實(shí)上即一個(gè)模擬網(wǎng)頁提交的腳本/爬蟲。其運(yùn)行主要依賴于網(wǎng)站的任務(wù)負(fù)荷。如果確實(shí)用的人太多，不知道會(huì)不會(huì)存在可能把 SMART 搞崩潰。不過，這并不是我需要關(guān)心的事情，我已經(jīng)充分限制了 Batch SMART 的提交和獲取時(shí)間間隔。
目前收到的問題主要有兩個(gè)，其他的都不是問題，因?yàn)槲也幌虢鉀Q，也沒必要，看手冊就行。
突然彈出黑框
Emmm... 這種情況，很難發(fā)生。但是一旦發(fā)生，只能說明你的網(wǎng)絡(luò)存在問題?；蛘呤蔷W(wǎng)速太慢，導(dǎo)致無法保持跟SMART的通訊，然后就結(jié)束。網(wǎng)絡(luò)問題，沒有解法。遇到這個(gè)情況，最好的方式是：
- 查看結(jié)果文件中運(yùn)行到哪個(gè)ID，刪掉最后這個(gè)ID的結(jié)果
- 將這個(gè)ID前面的所有 ID對應(yīng)的序列從查詢文件中過濾掉，用 TBtools 的 Fasta Filter
- 得到的過濾后的 Fasta 文件，繼續(xù)查，注意網(wǎng)絡(luò)別太差，這個(gè)救不了。
不知道怎么可視化....
SAD，事實(shí)上，TBtools 提供了一個(gè)我個(gè)人認(rèn)為相對完美的通用的批量的生物序列可視化工具，即
具體這個(gè)功能，我在很久以前寫的一篇《順式作用元件可視化》的推文中用過，但是很少人記得。剛剛已經(jīng)有 TBtools早期用戶 答應(yīng)寫一個(gè)推文，然后投稿到《生信札記》微信公眾號(hào)。大家就期待吧。
當(dāng)然，無論是否有對應(yīng)的可視化推文出來。我也不希望再回復(fù)，如何可視化Batch SMART結(jié)果這類問題，因?yàn)檫@個(gè)問題不應(yīng)該存在。
為此，我直接加了一個(gè)選項(xiàng)【注：默認(rèn)開啟】
一旦運(yùn)行結(jié)束，就會(huì)自動(dòng)可視化
于是，整個(gè)世界都清凈了，大家愛干啥就干啥吧。
寫在后面
每個(gè)用戶有每個(gè)用戶的訴求，這個(gè)完全理解。
只是每一個(gè)軟件開發(fā)者，也有他的訴求。
就 TBtools 而言，我一貫堅(jiān)持是
我只負(fù)責(zé)賣鍋，不會(huì)教炒菜。
不知道怎么用鍋？看說明書，或者自己琢磨。
鍋有問題，可以提出來。在TBtools使用交流群提出來就好了。
不要小窗我，更不要問我，番茄炒雞蛋還是蛋炒西紅柿怎么做？這個(gè)真的超綱。
如果執(zhí)意要問，完全沒問題。我其實(shí)是接受付費(fèi)咨詢的，￥360每小時(shí)，童叟無欺，解決不了不收費(fèi)。一般問題，尤其是 TBtools 使用相關(guān)，一個(gè)小時(shí)內(nèi)解決。
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