我們通過轉(zhuǎn)錄組分析能夠得到許多的差異基因，這些差異基因里包含大量的轉(zhuǎn)錄因子。所以，我們就想去查看轉(zhuǎn)錄因子與差異基因的調(diào)控關(guān)系，并將這種關(guān)系進行可視化（經(jīng)常在文章中看到這種同心圓圖片）。

圖片.png

步驟也很簡單包括：

一、尋找差異基因和差異轉(zhuǎn)錄因子

差異基因的查找過程就不多說了
差異轉(zhuǎn)錄因子的查找過程見文章
《2023-02-08對候選基因(GWAS\轉(zhuǎn)錄組)進行GO注釋（氣泡圖和柱形圖）》
http://www.itdecent.cn/p/126feda902a0

二、對TF和DEG進行相關(guān)性分析

1、準備文件01.csv

圖片.png

2、對基因進行相關(guān)性分析

python Corr.py 01.csv 01_0.5.xlsx spearman 0.5
#Corr.py，我是利用該腳本進行相關(guān)性分析，需要該腳本可以私信我
#0.5表示，保留相關(guān)性打大于0.5的關(guān)系網(wǎng)絡(luò)
#01_0.5.xlsx表示，結(jié)果文件

結(jié)果文件01_0.5.xlsx如下

圖片.png

三、利用二的結(jié)果文件進行可視化

1、將01_0.5.xlsx文件另存為01_0.5.xcsv文件，并將其拖進cytoscope軟件（該軟件安裝需要在java11環(huán)境下）中。

圖片.png

圖片.png

顯然，現(xiàn)在是一種混亂的狀態(tài)。

2、網(wǎng)絡(luò)圖美化---挑選轉(zhuǎn)錄因子

因為所有的DGE都在圖中，包括轉(zhuǎn)錄因子在內(nèi)。這時，我們可以通過篩選將轉(zhuǎn)錄因子先挑出來。

圖片.png

圖片.png

圖片.png

圖片.png

以此類推找出所有的轉(zhuǎn)錄因子
但是遇到了問題，由于基因過多，導致搜索的基因凸顯不出來

圖片.png

圖片.png

圖片.png

圖片.png

圖片.png

圖片.png

3、網(wǎng)絡(luò)圖美化---花同心圓

由于基因過多，將所有的基因放在一個圓里肯定是不行的。我們多畫幾個圓。
首先，對網(wǎng)絡(luò)圖進行分析

圖片.png

隨后就會計算出結(jié)果，我們主要是通過Degree列（該基因所關(guān)聯(lián)的基因個數(shù)）進行畫同心圓，可以將該結(jié)果導出來，方便觀察。

圖片.png

圖片.png

圖片.png

圖片.png

這時，也可以雙擊彩色板進行選擇顏色。
然后，我們就可根據(jù)基因數(shù)量和Degree進行設(shè)計同心圓的個數(shù)、每個同心圓包含的基因個數(shù)。
我一共有一百就是多個基因，我打算設(shè)計6個同心圓，分別包含60、50、40、30、10、5個基因
打開導出的后綴為default node.csv文件

圖片.png

圖片.png

效果圖

圖片.png

圖片.png

圖片.png

圖片.png