這篇14分+SCI也是從TCGA數(shù)據(jù)挖掘開(kāi)始做起的

有人會(huì)說(shuō)純生信SCI是“垃圾論文”,一直忽略它的研究意義,大多數(shù)做純生信數(shù)據(jù)挖掘的人都是沒(méi)有錢(qián)做驗(yàn)證的,故沒(méi)有辦法證明某一分子是否促進(jìn)/抑制腫瘤發(fā)生發(fā)展,更沒(méi)有辦法探索其具體作用機(jī)制,沒(méi)有辦法展現(xiàn)它的真實(shí)研究意義。不過(guò)話(huà)也說(shuō)回來(lái),不是所有純生信篩選出來(lái)的分子都能夠被實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,做實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證也是存在一定風(fēng)險(xiǎn)的,可能花費(fèi)了很多經(jīng)費(fèi),到最后什么結(jié)果都沒(méi)有得到。

今天分享一篇14分+SCI文章,這篇文章也是從TCGA數(shù)據(jù)挖掘開(kāi)始做起的,然后通過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證以及作用機(jī)制的探索等一系列分析將文章發(fā)到Nature Communications上的。文章題目:METTL3 promotes tumour development by decreasing APC expression mediated by APC mRNA

N6-methyladenosine-dependent YTHDF binding(PMID: 34155197),如果感興趣的話(huà),可以自己下載進(jìn)行詳細(xì)閱讀。

究竟是如何操作的呢?

1、通過(guò)數(shù)據(jù)挖掘篩選目標(biāo)分子

一般都是通過(guò)下載TCGA數(shù)據(jù),做差異分析,確定表達(dá)是否上調(diào)或者下調(diào),然后進(jìn)行預(yù)后分析,是否有值得研究,然后到GEO數(shù)據(jù)庫(kù)找一下相關(guān)數(shù)據(jù),如果能找到的話(huà),就利用GEO數(shù)據(jù)進(jìn)行驗(yàn)證先(做完這些的話(huà)就可以發(fā)一篇純生信的SCI,很多1-3分的文章就是這樣來(lái)的)。上面的差異分析都是基于數(shù)據(jù)挖掘的,其實(shí)不一定可信,然后需要用自己臨床樣本進(jìn)行進(jìn)行一步的驗(yàn)證,結(jié)果才會(huì)比較可靠。(有少量經(jīng)費(fèi)的人,可以做純生信+簡(jiǎn)單實(shí)驗(yàn)


2、體內(nèi)外證明目標(biāo)分子具有促進(jìn)/抑制腫瘤發(fā)生發(fā)展的作用(純生信+一般實(shí)驗(yàn),需要一定的經(jīng)費(fèi),風(fēng)險(xiǎn)一般)


3、作用機(jī)制的探索(最難的一步,沒(méi)有國(guó)自然基金的話(huà),就不用看了,同時(shí)也是風(fēng)險(xiǎn)最大的 分析操作,需要一定的前期工作,而且陽(yáng)性結(jié)果不容易出來(lái))。


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