imageJ做免疫組化定量分析

做個(gè)生物實(shí)驗(yàn)也是夠苦逼的啊,不止結(jié)果要好看光鮮,還要做定量…… 也是醉了。明明 western blot 結(jié)果做的那么漂亮,一眼就看出來差異了,還需要定量?!思量起來,這個(gè)也還算簡單,忍了吧。。。

but… 辛辛苦苦做的免疫組化(或熒光)也需要定量——你當(dāng)搬磚就可以隨便使喚了嗎?花花綠綠,斑斑駁駁,腫么分析 ?

還好,我有這本秘籍,一定要看完哦。

進(jìn)入正題

準(zhǔn)備工作

首先,你需要下載 imageJ,然后下載 IHC-Toolbox 插件,并放入 imageJ 的安裝目錄下的 plugins 文件夾下;

送鏈接:

https://imagej.nih.gov/ij/plugins/ihc-toolbox/index.html

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開始分析

***1. ***在菜單欄里選擇文件打開,打開實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)圖片(此處所使用圖片來自互聯(lián)網(wǎng),大家可用自己的數(shù)據(jù)實(shí)戰(zhàn));然后在 plugins 菜單下 → 選擇 IHC Toolbox,打開如下:

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***2. ***選中感興趣的區(qū)域(ROI),然后點(diǎn)擊 Training;(這里選擇的區(qū)域一定要有代表性,范圍不可太大,也不能太小)

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***3. ***上步完成后會(huì)彈出 Color Chooser 窗口,滑動(dòng)滑塊兒以使感興趣的區(qū)域全部被選中;

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***4. ***調(diào)整圖片格式,改成 8 bit 灰度圖片,彩色的好看但是不支持哦;(你也可以改成 16 bit 的哈,忘了修改軟件會(huì)蹦出提示的)

調(diào)整完后,大概就是醬紙。

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5.Image → Adjust → Threshold… 打開調(diào)整閾值窗口;

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***6. ***滑動(dòng)滑塊兒使紅色覆蓋所選區(qū)域,其實(shí)就是告訴軟件你要分析哪些區(qū)域,有點(diǎn)像 ps 中的魔棒?… 反正趕腳很傻瓜;

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***7. ***然后就到了黎明前的最后一哆~ 嗦~ 了,告訴軟件你要分析面積還是灰度值,此處我們以面積為例(一定記得要選中 limited to Threshold 哦,切記!切記?。┎凰{(lán),分析的是整個(gè)圖的面積,就是整個(gè)圖片的像素長寬之積:1392 x 1040

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***8. ***最后一步就是出數(shù)據(jù)來 Analyze → Measure,也可以用快捷鍵 Ctrl + M,然后保存數(shù)據(jù)就好了,是不是既簡單又實(shí)用呢?

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第一次寫教程,心里還有點(diǎn)忐忑呢,沒有說清楚的地方希望大家留言交流。你的支持就是我最大的動(dòng)力。

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