在數(shù)量生態(tài)學(xué)-多元回歸樹遇到各種問題,在網(wǎng)上找了各種資料和解決辦法,總算順利解決。為了記住這一過程,在此跟大家分享以下我的解決方法:
問題1.
用MRT()函數(shù)分析mvpart()
# 從mvpart()函數(shù)獲得的結(jié)果對(duì)象中提取MRT結(jié)果
# 必須加載MVPARTwrap和rdaTest程序包
spe.ch.mvpart.wrap <-
?MRT(spe.ch.mvpart, percent = 10, species = colnames(spe))
summary(spe.ch.mvpart.wrap)
首先是MVPARTwrap包的安裝,我通過以下代碼來安裝包時(shí)出現(xiàn)了問題,
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("cran/mvpart",force=TRUE)
install_github("cran/MVPARTwrap",force=TRUE)
library(mvpart)library(MVPARTwrap)
顯示:Downloading GitHub repo cran/MVPARTwrap@HEADError in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, :cannot open URL 'https://api.github.com/repos/cran/MVPARTwrap/tarball/HEAD'
在網(wǎng)上找到https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/14077003.html這篇文章,通過"Win+R,輸入inetcpl.cpl 直接打開Internet選項(xiàng)。打開后,在高級(jí)中勾選使用TLS 1.0、使用TLS 1.1、使用TLS 1.2。",成功解決,哈哈哈哈!?。?!
我本以為可以順利安裝了,BUT,出現(xiàn)了?。?!
錯(cuò)誤:Warning message:In i.p(...) : installation of package ‘C:/Users/ADMINI~1/AppData/Local/Temp/RtmpcJg2SR/filef8448ca3854/MVPARTwrap_0.1-9.2.tar.gz’ had non-zero exit status,折騰半天發(fā)現(xiàn),在這句話上頭還有一句:錯(cuò)誤: 10:32: unexpected input10:? options(download.file.method=“。。。。。。。。
在搜索引擎上查閱了相關(guān)解決辦法,發(fā)現(xiàn)是我的R配置文件的問題,在R安裝目錄下etc文件下打開Rprofile.site,找到options(download.file.method="libcurl")一行修改了標(biāo)點(diǎn)符號(hào)(!??!真絕,我啥時(shí)候改這個(gè)的。。)
總算安裝好了。(^o^)/YES!
問題2
事情怎么會(huì)這么順利解決呢?畢竟還有一個(gè)rdatest包沒有安裝??!
不過抱著僥幸心理,我還是試了試。
> spe.ch.mvpart.wrap <-+ MRT(spe.ch.mvpart, percent = 10, species = colnames(spe))
Error in sedit(mat_labels[2], c("<", ">", "=", " "), c("", "", "", "")) : could not find function "sedit"
果然╭∩╮(︶︿︶)╭∩╮
不過這個(gè)sedit是rdatest包里吧?所以接著找包吧:-(
但是,百度沒有包啊,github也咩有,CRAN清華沒有,試試北外的?好吧,有!但是不能下載,因?yàn)榘姹咎?。不甘心的問了朋友,建議我去必應(yīng)試試。搜索“rdatest r”,出來了誒~~~^_^~~~必應(yīng)是個(gè)好東西?。。?/p>
我下載了,也安裝成功了。但是!
> install.packages("F:/rdaTest_1.11.zip", repos = NULL, type = "win.binary")
package ‘rdaTest’ successfully unpacked and MD5 sums checked
> library(rdaTest)
Error: package or namespace load failed for ‘rdaTest’:package ‘rdaTest’ was installed before R 4.0.0: please re-install it
什么鬼??_?
好吧,我再去必應(yīng)找找!
但是沒答案啊!!!
我試著解壓了這個(gè)包,但是只翻到一大堆.RDA文件,這是什么鬼,總不能是代碼(;′??Д??`)(;′??Д??`)
哎,我打算放棄了(☆′益`)c
但是!靈感來了??!
我為什么不用必應(yīng)搜一下這個(gè)函數(shù)呢?哈哈哈哈哈哈
果然,這個(gè)函數(shù)不是rdatest里的!!(;′??Д??`)
我在干什么?。?!
這個(gè)祖宗是Hmisc包里的?。?!
我覺得可能代碼忘寫了 ,所以學(xué)習(xí)這一節(jié)的朋友們,一定要補(bǔ)上library(Hmisc)
library(Hmisc)
library(Hmisc)
!??!重要的事情說三遍?。?!
這件事終于畫上完美的句號(hào)!?。?/p>
怪不得那些程序猿會(huì)禿,感覺我也快了!??!