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R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)Alpha多樣性指數(shù)的計(jì)算
R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)Alpha多樣性指數(shù)的計(jì)算 上次我們已經(jīng)使用R語(yǔ)言來(lái)對(duì)OTU表的抽平分析，那么我們?nèi)绾问褂贸槠胶蟮腛TU表來(lái)重新計(jì)算Alpha多樣性呢...
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R語(yǔ)言計(jì)算多樣性指數(shù)的平均值和方差R語(yǔ)言計(jì)算多樣性指數(shù)的平均值和方差 在16s RNA高通量測(cè)序后，我們經(jīng)常要對(duì)樣本進(jìn)行Alpha多樣性指數(shù)分析，所以經(jīng)常要計(jì)算Alpha多樣性指...
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R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)OTU表的抽平分析
R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)OTU表的抽平分析 好久沒(méi)有更新文章了，抱歉，今天我們先來(lái)講一下抽平。相信大家平常在16s RNA 測(cè)序后，一般都會(huì)對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)劃分后生...
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非約束排序4 對(duì)應(yīng)分析（CA）
第五章 非約束排序4 對(duì)應(yīng)分析（CA） 1. 對(duì)應(yīng)分析概述 對(duì)應(yīng)分析（correspondence analysis，CA）是分析物種有-無(wú)或多...
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Alpha多樣性指數(shù)求標(biāo)準(zhǔn)差及平均值
Alpha多樣性指數(shù)求標(biāo)準(zhǔn)差及平均值 現(xiàn)在使用高通量測(cè)序技術(shù)來(lái)對(duì)微生物群落來(lái)進(jìn)行測(cè)序分析已經(jīng)發(fā)展很多年了，在論文中經(jīng)常有使用到Alpha多樣性來(lái)...
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ggplot2繪制-堆疊柱形圖參數(shù)細(xì)講
ggplot2繪制-堆疊柱形圖參數(shù)細(xì)講 昨天我們主要說(shuō)了如何使用群落微生物的物種屬水平豐度表來(lái)繪制堆疊柱形圖。但是昨天沒(méi)有對(duì)ggplot2來(lái)繪制...
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繪制堆疊柱形圖（ggplot 2）使用群落微生物物種豐度表數(shù)據(jù)
群落微生物物種豐度表-繪制堆疊柱形圖（ggplot 2） 今天我們先來(lái)講一下如何利用細(xì)菌群落的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)來(lái)繪制堆疊柱形圖來(lái)展示不同樣品中優(yōu)勢(shì)...
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非約束排序3 主成分分析（PCA）-基于Hellinger轉(zhuǎn)化的數(shù)據(jù)以及其他內(nèi)容第五章 非約束排序3 主成分分析（PCA）-基于Hellinger轉(zhuǎn)化的數(shù)據(jù)以及其他內(nèi)容 由于前幾天電腦被我搗鼓壞了，今天才修好，所以這幾天就沒(méi)...
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非約束排序2 主成分分析（PCA）第五章第五章 非約束排序2 主成分分析（PCA） 今天我們來(lái)學(xué)習(xí)一下賴(lài)江山老師的《數(shù)量生態(tài)學(xué)：R語(yǔ)言的應(yīng)用 第二版》第五章的正式內(nèi)容了，今天主要講的是...