孫承宗大批毛文龍不能牽制后金，還耗盡大明朝的錢糧。
《督師紀略》：“文龍來請，每以直搗奴穴為己任，牽制奴不東為己功。中朝惑其言，以為即未能搗奴，而奴之不來，實文龍之力，不知文龍實不能制奴也”。
《崇禎長編》：戶部覆樞輔孫承宗酌議河東兵餉疏，覆略曰：東江一旅，借名牽制，歲糜公帑幾不可問。
崇禎也不承認毛文龍牽制后金，崇禎還說毛文龍通夷有跡。
崇禎元年九月十二日，戶科給事中瞿式耜在所上《端用人之源疏》中說：“……而毛帥之設(shè)，為牽制虜酋也。試觀文龍在海外數(shù)年，糜費朝廷數(shù)百萬金錢，曾有一縷之功在封疆乎？曾有一旅之師躡虜之尾乎？曾有一奇之出間虜之心腹乎？而日報捷音之鬼語,屢獻自降之俘卒，殺戮無辜，誑欺君父?！?br>
《崇禎長編》：壬申諭兵部朕以邊事付督師袁崇煥閫外軍機聽以便宜從事乃島帥毛文龍懸軍海上開鎮(zhèn)有年以牽制為名全無功效剿降獻捷欺誑朝廷器甲芻糧蠹耗軍國而且剛愎自用節(jié)制不受近乃部署多兵來登索餉跑囂跋扈【顯著逆形】。
崇禎二年六月十八日，奉圣旨：毛文龍懸踞海上，糜餉冒功，朝命頻違，節(jié)制不受，近復提兵進登，索餉要挾，跋扈叵測，【且通夷有跡】，犄角無資，掣肘貧礙。卿能周慮猝圖，聲罪正法，事關(guān)封疆安危，閫外原不中制，不必引罪。一切處置事宜，遵照勒諭行，仍聽相機行。 《恭報島帥逆形昭著機不容失便宜正法謹席藁待罪仰聽圣裁》
崇禎元年七月，闊科等人被送到北京，事后，就出賣了毛文龍私通皇太極。
《崇禎長編.卷十一》：“東江縂兵毛文龍送大清議欵使臣可可孤山馬秀才等四人至京?！?br>
崇禎元年七月，袁崇煥進京面圣，當時“朝議憂毛文龍難馭?！薄ā冻绲潓嶄洝肪?）
《滿文老檔》第十一冊 天聰二年：三月二十五日來書云：王副將告汗曰：我王子登盡忠將事，誰知對二處均無利益。我誠天地間無用之人也。伏思汗以執(zhí)闊科送北京之故，今我雖有善言，亦不能見信。毛都督又責我曰：爾言汗寬仁厚德，尊賢敬智，為人和善等。乃信讒言，始行此事，不能增進親善，反令所遣諸申，擾害地方，復以大言欺我。此皆王副將之不善所致等語。我兩頭為難，不知所措也。汗止知馬通事之見殺及送闊科往北京，不知其實事，皆由彼二人之過所致矣。馬通事來時，於途遇六、七人逃來，不思已為前來議和，便射死一人，斬殺一人，馀眾敗走，登山得免。及馬通事至島之次日，敗走之逃人來島，在毛文龍之衙門遇見馬通事，彼等言爾非途中殺我之諸申乎？遂擒之，往告毛文龍。毛文龍反打逃人，責問諸申地方之事，何告於我等語。遂不詢問，逐出之。其人至黃戶部門前喊冤。遂擒馬通事以去。因馬通事嫉妒闊科，任意妄言。毛文龍知其言不善，故殺之，并將闊科送往帝京。汗乃天生豪杰，何不計此小事，不可事急而隱匿之。為箝制眾人之口，不使明帝生疑，遂將闊科送往帝京，以便再行和好之事。誰知闊科與黃戶部到北京後，告知毛文龍與汗禮上往來不斷等語?？频栏鲉T聞之，俱奏書稱，毛文龍欲親敵國，設(shè)計謀叛，事已屬實，至今尚未議畢等語?！?br>
當時，很多大臣主張誅殺通敵的毛文龍，還有怕消息通到毛文龍那里，主張暗殺。
”然當日毛文龍反跡，副都御史朱童蒙已力言之。假令不殺文龍，以伺消息相通，奸生日久，天下事尚忍言哉？“——《白冤疏》錢家修
《閩中理學淵源考》卷76，引《宗伯林平養(yǎng)先生欲楫》載“懷宗立，升禮部尚書掌詹事，朝議誅毛文龍，力言不可，與閣忤，假歸三載。召修實錄”。
就是因為他，反對誅毛文龍，直接被假歸三年。
崇禎元年八月，后金皇太極征蒙古，袁崇煥派兵與后金軍，戰(zhàn)于黃泥洼，而毛文龍即以飄風為由，稱兵登州。
《滿文老檔》：
天聰二年八月，初七日，汗御殿，賜奈曼部貝勒洪巴圖魯號為達爾漢，扎魯特部臺吉喀巴海號為衛(wèi)徵。賜號之緣故，即洪巴圖魯、喀巴海臺吉以察哈爾汗不道，欲依傍天聰汗，俱來歸附。後出征察哈爾阿喇克綽特部，殺其臺吉噶兒圖，俘獲人口七百，以所獲獻汗。
“更有異者文龍近以漂風為名突至登州夏家疃上岸續(xù)到多舡見在登萊沿海窺探不知意欲何為?！薄冻绲濋L編》崇禎元年八月
《國榷》：“崇禎元年八月，庚戍，賤虜犯黃泥洼。袁崇煥令總兵官祖大壽擊卻之，斬百八十級，獲騾馬二十?！?br>
“八月丁未，清兵攻黃泥洼，袁崇煥令總兵官祖大壽御之?！薄?《崇禎實錄》
“兵科給事中許譽卿劾毛文龍擅離汛地潛入登萊責令據(jù)寔回奏從之”?！冻绲濋L編》崇禎元年八月
崇禎二年四月，
毛文龍又一次稱兵登州，崇禎與內(nèi)臣言言處罪東江毛文龍，朝鮮收到消息，明廷議毛文龍日久作亂。
“近且有牧馬登州、取南京如反掌等語。據(jù)登萊道申報，豈堪聽聞！”《薊遼督師袁崇煥題本》
《公槐集》卷3《講帷記注》，崇禎二年四月十七，姚希孟時為講官，講讀畢，崇禎召“輔臣曁兵部尚書王洽議東江事，它人莫得聞”。
崇禎二年，《朝鮮王朝實錄 仁祖大王實錄》仁祖七年四月二十七日：壬子/毛文龍領(lǐng)兵船四十艘, 向登州。 是時，中國疑文龍居外,，久必作亂， 議塞登州之路，文龍稱以當與袁軍門面議軍務(wù),，遂行。
兵科給事中宋鳴梧題本...總兵毛文龍，越居皮島，志懷跋扈，兩窺登州，疏語悖誕；按之則恐激叛，聽之則實養(yǎng)口，今閣樞機密口籠，牽之而西，督師袁崇煥奉皇上威靈，立斬此弁，隱憂涫矣.(明清甲編葉七二三)
袁崇煥斬毛文龍后，崇禎有敕諭，說一切布置，遵照敕諭，便宜行事。是遵照，要搞清楚。
“毛文龍懸踞海上糜餉冒功朝命【頻違節(jié)制不受】近提兵進登索餉要挾跋扈有跡犄角無資卿能聲罪正法事關(guān)封疆安危閫外原不中制不必引罪一切布置遵照【敕諭】聽便宜行事。"----崇禎二年六月，《崇禎長編卷之二十三》
