以下內(nèi)容部分引用自
硬件配置
10X Genomics單細胞數(shù)據(jù)分析對電腦硬件配置要求比較高。上游分析軟件Cell Ranger最低配置要求8核CPU+64G內(nèi)存，推薦配置為16核CPU+128G內(nèi)存，這顯然不是個人電腦可以勝任的。下游分析使用R語言Seurat包時，10000個細胞的表達矩陣，8G內(nèi)存的電腦就不能應付了。因此沒有服務器的同學不用考慮上游分析，僅做下游分析最低也要16G內(nèi)存的電腦。
1 R及Rstudio安裝
安裝過程參考我的筆記：
R.002 Windows環(huán)境R語言安裝及鏡像設置
2 R基礎學習
R語言實戰(zhàn)筆記
R數(shù)據(jù)科學筆記
3 R包配置
# 安裝基礎包
install.packages("devtools", dependencies=T)
install.packages("BiocManager", dependencies=T)
install.packages("tidyverse", dependencies=T)
install.packages('Seurat', dependencies=T)
# 設置國內(nèi)鏡像
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.cloud.tencent.com/CRAN/"))
options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')
# 使用BiocManager安裝分析包
BiocManager::install(c("SingleR","monocle", "DESeq2"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("clusterProfiler","DOSE","pheatmap"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","org.Mm.eg.db","org.Rn.eg.db"),ask = F,update = F)
devtools::install_github('RGLab/MAST', upgrade=F, build_vignettes = T)
