SET UP A MACos COMPUTER
一、首先分享幾個在跟隨書進行設置時出現的錯誤和解決辦法：
1、xcodebuild
This problem happens when xcode-select developer directory was pointing to /Library/Developer/CommandLineTools, when a full regular XCode was required (happens when CLT are installed after XCode)
Solution:
（1）Install Xcode (get it fromhttps://developer.apple.com/xcode/) if you don't have it yet.
（2）Accept the Terms and Conditions.
（3）Ensure Xcode app is in the/Applicationsdirectory (NOT/Users/{user}/Applications).
（4）Pointxcode-selectto the Xcode app Developer directory using the following command:
sudo xcode-select -s /Applications/Xcode.app/Contents/Developer
2、Ruby
安裝過程中提醒我ruby版本過低，需要升級Ruby。經過一番搜索，有人提議用RVM（Ruby Version Manager），可以安裝和管理Ruby，十分方便。具體安裝使用參見官網https://rvm.io。
不想使用RVM的，可以簡單的使用 brew install ruby 再次安裝一遍。但是安裝完后使用 ruby -v 命令查看的時候會發(fā)現還是原來的版本，再用brew重新安裝一遍，系統(tǒng)會告訴你 ruby-x.x.x already installed, it's just not linked。因此，只需要用brew link --overwrite ruby 鏈接一下便可。此外應該還可以用brew upgrade,我沒有嘗試。
二、命令簡介
在安裝過程中，雖然跟著流程走了一遍，但是還是有不少命令用了卻不知道什么意思，因此還是記下來，以便等夜深人靜的時候再好好揣摩。
1、sudo命令
sudo命令用來以其他身份來執(zhí)行命令，預設的身份為root。
usage: sudo (選項）（參數）
-b：在后臺執(zhí)行指令；-h：顯示幫助；-H：將HOME環(huán)境變量設為新身份的HOME環(huán)境變量； -k：結束密碼的有效期限，也就是下次再執(zhí)行sudo時便需要輸入密碼；。 -l：列出目前用戶可執(zhí)行與無法執(zhí)行的指令； -p：改變詢問密碼的提示符號； -s：執(zhí)行指定的shell； -u<用戶>：以指定的用戶作為新的身份。若不加上此參數，則預設以root作為新的身份； -v：延長密碼有效期限5分鐘； -V ：顯示版本信息。
2、brew cask
brew cask 是一個用命令行管理Mac下應用的工具，它是基于homebrew的一個增強工具。homebrew可以管理Mac下的命令行工具，而使用上brew cask之后，你還可以用它來管理Mac下的Gui程序。
? ? brew cask uninstall 軟件名卸載通過 Homebrew Cask 安裝的軟件
? ? brew cask search列出所有可以被安裝的軟件，當然你也可以直接前往上文提供的 Homebrew Cask 搜索。
? ? brew cask search google這里是查找所有與 google 有關的軟件，google 關鍵詞可以自行替換
? ? brew cask info 軟件名查找相關軟件的信息
? ? brew cask cleanup刪除 Homebrew Cask 下載的包
? ? brew cask list列出通過 Homebrew Cask 安裝的包
? ? brew cask update更新 Homebrew Cask
3、libharu 學習筆記
用brew安裝了挺多的東西，很多都沒見過，比如這個libharu，從網上找了一篇學習筆記，有時間的時候研究一下。
http://blog.csdn.net/anobodykey/article/details/63683843
4、插一個清除mac緩存的命令
刪除mac系統(tǒng)日志：sudo rm-rf /private/var/log/*
刪除quicklook緩存文件：sudo rm-rf /private/var/folders/*
刪除臨時文件：sudo rm -rf/private/var/tmp/*
清除緩存文件：sudo rm -rf~/Library/Caches/*
miniconda and bioconda
1、安裝
從 https://repo.continuum.io/miniconda/下載mac版的Miniconda3-4.3.27-MacOSX-x86_64.sh，bash Miniconda3-4.3.27-MacOSX-x86_64.sh 進行安裝，然后添加路徑到環(huán)境變量~/.bash_profile。
2、添加清華鏡像等
conda config --add channels bioconda(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocanda/)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
此外還有一些第三方源，可以上清華鏡像上按需添加。
刪除鏡像：conda config --remove channels?
不過還有簡單粗暴地方法：直接修改conda的配置，一般在當前用戶路徑下，比如C:\Users\Administrator\.condarc
3、更新
source deactivate
conda update conda
4、創(chuàng)建環(huán)境
conda create -y --name bioinfo python=2
source activate bioinfo （run once per window）
list existing environments :conda info --envs
5、安裝軟件
curl?http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt| xargs conda install -y
5、doctor.py
help your system get better：doctor.py --fixme | bash
結語
一直以來都是用的配置好的服務器，等自己著手配置才發(fā)現有這么多的問題，不過也學到了很多新東西，開心。
