寫(xiě)在前面
????最近碰到點(diǎn)需求，了解一下其他植物的病害和抗性基因，于是檢索了生物互作數(shù)據(jù)庫(kù)，發(fā)現(xiàn)了Phibase和prgdb這兩個(gè)網(wǎng)站，做個(gè)簡(jiǎn)單的介紹。

1. Phibase

website:http://www.phi-base.org/index.jsp
????收錄了經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證或文獻(xiàn)報(bào)道的能夠感染植物、動(dòng)物、真菌和昆蟲(chóng)的真菌、卵菌、細(xì)菌等病原菌的致病基因、毒力基因和效應(yīng)蛋白基因。另外，還收錄了抗真菌化合物及其靶基因。

image.png

????這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)于2019年發(fā)表在NAR，最近的一次更新在2021年9月1日，內(nèi)容上可以說(shuō)是非常新了。

1.1 想查看該網(wǎng)站收錄了哪些病原菌、宿主及病害名稱(chēng)。

分別對(duì)應(yīng)左側(cè)的Pathogen、Hosts、Dieases，可以直接下載excel表格到本地查看。

1.2 根據(jù)宿主名或基因名稱(chēng)或功能檢索

search-(advanced search，精確搜索需要advanced search，否則不需要)，輸入你想檢索的信息就可。

比如我想搜索已報(bào)道的能侵染玉米的病害，我直接輸入‘Zea mays’，然后拿到18頁(yè)的信息。

image.png

第一列是已報(bào)道的致病基因名，第二列是表型，第三列是來(lái)源的病原菌，第四列是造成的病害部位，第五列是宿主。
把這部分信息download下來(lái)，用R語(yǔ)言的table()函數(shù)統(tǒng)計(jì)一下。

de <- read.table('maize-deasease.txt',sep = '\t',header = F)
dee <- de[,c(-1,-6)]
colnames(dee) <- c('geneid','function','pathogen','organ')
#統(tǒng)計(jì)病害并作圖
library(ggplot2)
ta <- as.data.frame(table(dee$pathogen))
ggplot(ta,aes(Var1,Freq))+
  geom_bar(stat="identity",fill="steelblue")+
  geom_text(mapping = aes(label = ta$Freq), size = 6, colour = 'red', vjust = 0.5)+#給柱狀圖數(shù)值添加label
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 0.5, vjust = 0.5)) #調(diào)整橫軸label為45度

image.png

可以看到，研究的最多的是玉米的瘤黑粉病，其次是玉米的小斑病。

1.3 下載網(wǎng)站所有的effector信息

downd按鈕，有兩種格式，CSV格式和FASTA格式任君挑選，不過(guò)下載之前要填寫(xiě)基本信息來(lái)注冊(cè)，很快的。

1.4 對(duì)未知序列進(jìn)行病菌基因?qū)ふ一蛲椿驅(qū)ふ?/h3>

PHI-Blast
不過(guò)只能做少數(shù)的數(shù)目，如果要搜索的數(shù)目太多，倒不如下載所有的基因組信息，本地做blast。

2. PRGDB

website:http://prgdb.crg.eu/wiki/Main_Page

image.png