02 barplot 免疫浸潤(rùn)

#讀取免疫文件整理數(shù)據(jù)

immune=read.table("CIBERSORT-Results.txt",sep="\t",header=T,row.names=1,check.names=F)
immune=immune[immune[,"P-value"]<0.05,]
immune=as.matrix(immune[,1:(ncol(immune)-3)])
data=t(immune)
col=rainbow(nrow(data),s=0.7,v=0.7)#顏色彩虹色
#畫(huà)圖
par(las=1,mar=c(8,5,4,16),mgp=c(3,0.1,0),cex.axis=1.5)
a1 = barplot(data,col=col,yaxt="n",ylab="Relative Percent",xaxt="n",cex.lab=1.8)
a2=axis(2,tick=F,labels=F)
axis(2,a2,paste0(a2*100,"%"))
axis(1,a1,labels=F)
par(srt=60,xpd=T);text(a1,-0.02,colnames(data),adj=1,cex=0.6);par(srt=0)
ytick2 = cumsum(data[,ncol(data)])
ytick1 = c(0,ytick2[-length(ytick2)])
legend(par('usr')[2]*0.98,par('usr')[4],legend=rownames(data),col=col,pch=15,bty="n",cex=1.3)
#export it need larger width
dev.off()
```r
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