fasterq-dump 人多力量大，核多干飯香
最近開始入門生信，第一次感覺到自己的頭發(fā)可能要離自己遠(yuǎn)去了。
作為濕實(shí)驗(yàn)的大佬（自封），自然是沒有什么服務(wù)器的，所以我開始了使用Windows10內(nèi)置Linux子系統(tǒng)作為入門的第一步。
作為小白用戶，感覺還是很方便的（顏色真的不會(huì)改），主要是和windows本身文件互通，在/mnt下直接可以查看其它盤的文件
今天發(fā)現(xiàn)sra轉(zhuǎn)fastq時(shí)候，使用fastq-dump的速度的速度極其感人
fastq-dump --gzip --split-e -O . SRR1039508
本身電腦配置其實(shí)還行，AMD的3600,外加32G內(nèi)存，處理一個(gè)2G不到的sra文件竟然需要1個(gè)小時(shí)。
后面發(fā)現(xiàn)生信技能樹的教程(強(qiáng)烈推薦報(bào)名上課呀?。。。〔皇峭?中還有另外一個(gè)備注
#fasterq-dump --split-files SRR11180057.sra
以我多年考六級(jí)的經(jīng)驗(yàn)來著，帶er的東西肯定更強(qiáng)（狗頭）
所以先簡單百度了一下，發(fā)現(xiàn)這個(gè)fasterq-dump支持多線程，而fastq-dump是個(gè)單線程軟件，所以小學(xué)思維，6個(gè)小學(xué)生肯定打得過一個(gè)小學(xué)生。
開始裝 fasterq-dump
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
#有耐心的可以等，80m的大小，但是速度只有20k左右。迅雷還能快點(diǎn)
#常規(guī)安裝
tar -xzf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
#直接解壓后就可以添加環(huán)境變量了
echo "export PATH=/home/nanyisk/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin:\$PATH ">>~/.bashrc
source ~/.bashrc
搞定之后就可以用tap鍵補(bǔ)齊了
首先查看幫助文檔
常規(guī)的不說，首先是-e，可以設(shè)置線程數(shù)，再者竟然有進(jìn)度條選項(xiàng) -p，入門生信的三周中，無數(shù)次在運(yùn)行之后陷入沉思，“我在干嘛？”，“開始了嗎？”，“是不是死機(jī)了？”，有進(jìn)度條真的太友好了。其它的選項(xiàng)看不懂，先放過去了。那就先上一個(gè)數(shù)據(jù)試試。
這是幾個(gè)意思？？？？學(xué)生信最怕否定句?。。?br> 沒辦法，他說啥就干啥唄
vdb-config --interactive
運(yùn)行之后我震驚了。。。。第一次見這種界面的東西。以我多年考六級(jí)的經(jīng)驗(yàn)，默認(rèn)是最保險(xiǎn)的（default）。標(biāo)紅加下劃線的那個(gè)字母應(yīng)該就是那個(gè)選項(xiàng)的按鍵。
點(diǎn)擊f（default）之后點(diǎn)擊y（yes），再點(diǎn)o（OK）,感覺這里面好像挺多東西的， 但是都不懂，就放過去了。
再來一次
nanyisk@DESKTOP-Q7CG9MK:/mnt/w/20201209-rowdata$ fasterq-dump -e 100 -p -3 -O ferd/ SRR1039508
#別問我為啥100個(gè)線程，能設(shè)置多線程的程序我都設(shè)置100個(gè)。
有進(jìn)度條真的安心呀
這速度無敵了，我自己用手機(jī)記了一下時(shí)間，只需要4分26秒（time命令到底怎么用呀！?。。?/p>
生成了read1和2兩個(gè)文件
