嗨嗨，好久不見，太久沒有更新啦。前幾天和老師討論實(shí)驗(yàn)的時(shí)候，他提到了這個(gè)數(shù)據(jù)庫挺方便，之前只是聽說過，沒有研究過怎么用，回來之后我就仔細(xì)看了下，今天順便記錄一些基本操作哈。
首先，phytozome是一個(gè)收錄了植物基因組的數(shù)據(jù)庫和在線工具，注釋信息、基因組數(shù)據(jù)的獲取、可視化瀏覽都十分方便。
1.數(shù)據(jù)下載
作為一個(gè)數(shù)據(jù)庫，其最最主要的功能就是提供?數(shù)據(jù)的下載?，作為一個(gè)有原則的網(wǎng)站，phytozome要求你注冊(cè)后才能下載它的數(shù)據(jù)，所以乖乖注冊(cè)。
選擇你需要的物種，以擬南芥為例，annotation?注釋文件夾，assembly?組裝文件夾。
不清楚這些文件是干啥的，請(qǐng)翻閱往期文章：
基因家族生信分析基礎(chǔ)，基礎(chǔ)到教你序列下載的那種基礎(chǔ)?。ㄒ唬?/a>
基因家族生信分析基礎(chǔ)，基礎(chǔ)到教你序列下載的那種基礎(chǔ)?。ǘ?/a>
2.批量提取基因序列
選擇物種應(yīng)該不用多說，比較方便的是?keywords?部分可以輸入基因功能，家族名稱，某個(gè)結(jié)構(gòu)域等等都可以，然后GO。
3.單個(gè)基因檢索
主頁Tools——Keywords?search——選家族（可自行輸入或點(diǎn)選下方樹狀圖），輸入關(guān)鍵詞，GO。
于是我們先來看看基本信息，點(diǎn)G。
1.Functional Annotation：根據(jù)Pfam數(shù)據(jù)庫呈現(xiàn)出蛋白結(jié)構(gòu)域等部分。
2.Genomic：該基因在基因組上的位置，可視化一下外顯子內(nèi)含子啥的。
3.Sequences：這一部分我個(gè)人覺得挺有用，UTR等位置都標(biāo)注的很清楚。
4.Protein?Homologs：同源蛋白，顯示該蛋白在其他物種里的一些同源蛋白及其基本信息等，起碼和NCBI比起來，這個(gè)網(wǎng)站速度快很多哈。
5.Gene?Ancestry：基因進(jìn)化相關(guān)信息等。
6.Expression：可以查看該基因收錄在不同文獻(xiàn)中的表達(dá)情況（expression），還可以查看與該基因呈現(xiàn)共表達(dá)情況的相關(guān)基因（coexpression），correlation則表示共表達(dá)程度，非常好用。
至于點(diǎn)擊B，就可以直接看到基因可視化信息，如下圖，放大縮小啥的自己多點(diǎn)點(diǎn)就明白了。
4.啟動(dòng)子序列的獲取
在上一步的3.sequences中點(diǎn)開Genomic?sequence，輸入你需要的長度參數(shù)，可以直接獲取上下游序列。
5.Blast查找同源基因或者檢測引物特異性
可參考文章：論引物特異性的重要性，順便帶你看懂花花綠綠的結(jié)果，方法大同小異，相信你能搞定。
最后，如果沒看明白本教程還可以直奔網(wǎng)課：植物基因組數(shù)據(jù)庫Phytozome，講的非常詳細(xì)，五塊錢，兩人一起好像一塊錢，買它買它買它（無利益關(guān)系，單純推薦哈
