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答：免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)與親和純化的區(qū)別：
（1）免疫共沉淀以抗體和抗原之間的特異免疫反應(yīng)為基礎(chǔ)，驗(yàn)證兩個(gè)蛋白質(zhì)是否在細(xì)胞內(nèi)天然結(jié)合；親和純化不用引入抗體。
（2）免疫共沉淀純化瞬時(shí)且較弱相互作用的配體，親和純化用于純化穩(wěn)定蛋白質(zhì)復(fù)合物的亞基。
（3）免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)強(qiáng)度較低，假陽(yáng)性率較高；親和純化強(qiáng)度較大，效率很高，而且可以在成分復(fù)雜的混合物中提取出目的蛋白。
（4）免疫共沉淀只能用于驗(yàn)證，不可以發(fā)現(xiàn)新的相互作用；親和純化可以發(fā)現(xiàn)新的相互作用。
免疫共沉淀適用于瞬時(shí)的，較弱的蛋白相互作用，親和純化難以檢測(cè)瞬時(shí)的蛋白相互作用，更適合于穩(wěn)定的蛋白復(fù)合物中蛋白的相互作用。免疫共沉淀的原理是形成“目的蛋白-興趣蛋白-興趣蛋白抗體-SPA/Pansobin”的復(fù)合物，由于SPA/Pansobin較大，在離心時(shí)會(huì)沉淀下來(lái)，因此在分離時(shí)不需要較大的外力，對(duì)相互作用的破壞較小，因此可以檢測(cè)弱的相互作用；親和純化是通過(guò)共價(jià)鍵將與底物專一性可逆結(jié)合的配基偶聯(lián)到基質(zhì)，配基與混合物中的底物結(jié)合后，改變化學(xué)條件將其他混合物洗掉，這一過(guò)程中如果配基與底物結(jié)合的不牢固，就會(huì)被同時(shí)洗掉，因此只能用于強(qiáng)的相互作用。