基因型填充

- fillGenotype

- beagle

基因型填充(Genotype-Imputation)：從原理到操作 - 知乎 (zhihu.com)

建樹軟件

- SVDQuartets

j-chou/SVDquartets (github.com)

image.png

單倍型網(wǎng)絡(luò)

PopART官網(wǎng)
群體遺傳PopART 繪制 Haplotype Network 圖解(By Raindy)

雜交漸滲：

- BPP

- TWISST:https://github.com/simonhmartin/twisst

教程生信教程：使用拓?fù)浼訖?quán)探索基因組進(jìn)化（2） - 簡書 (jianshu.com)

-treemix

https://bitbucket.org/nygcresearch/treemix/downloads/
https://github.com/carolindahms/TreeMix
https://github.com/marcomilanesi/BITE
群體遺傳學(xué)之Treemix分析 & 最優(yōu)m值判定

- DSUITE

- ABBA-BABA WINDOWS

- HyDe

- QuIBLQuIBL學(xué)習(xí) - 簡書 (jianshu.com)

- SNaQ

- PhyloNet網(wǎng)狀進(jìn)化

- Dfoil:https://www.github.com/jbpease/dfoil

Dfoil - 推斷祖先基因流 - 簡書 (jianshu.com)
越古老的漸滲片段通過重組和自然選擇會越來越短，通過漸滲區(qū)域的長短可以判斷基因流的時期。

- MSCquartets package - RDocumentation：

對基因樹進(jìn)行分析，適合有組裝好的基因組鑒定出來的直系同源基因。

- TICR

- D3

- Dp

- Shuhua-Group/ArchaicSeeker2.0 判斷祖先基因流。

- hmmix

hmmix

- S*

S* and Archaic match p-values
bvernot/freezing-archer: Tools for identifying introgressed archaic sequence. (github.com)
NEE2023 Ghost admixture in eastern gorillas

物種樹構(gòu)建后的基因滲入檢驗方法 —BIO-101 (bio-protocol.org)

建樹軟件合集參考：系統(tǒng)發(fā)育常見軟件與在線工具合集 - 簡書 (jianshu.com)

群體結(jié)構(gòu)：

- finestructure

- structure

- admixture

- admixtools

- Dxy

- vcftools

- plink

- 遺傳成分畫圖

https://mp.weixin.qq.com/s/dhgMn6G-_60-8b9ZOo8upA

mapmixture

估算分化時間

- mcmctree

paleobiodb&timetree查找物種分化時間 - 簡書 (jianshu.com)
mcmctree估算物種分歧時間 - 簡書 (jianshu.com)
物種分歧時間、分子進(jìn)化速率計算（TimeTree、PAML mcmctree、codeml 、MEGA 看這一篇文章就夠！) - 知乎 (zhihu.com)

群體歷史：

- momi2

- msmc2

- psmc

- fastsimicoal2

群體歷史畫圖

-DemesDraw

DemesDraw

基因功能富集：

- agriGO

-

文章

DETECTABILITY OF VARIED HYBRIDIZATION SCENARIOS USING GENOME-SCALE HYBRID DETECTION METHODS

該文章對檢測雜交事件流行的軟件和方法進(jìn)行了評測，TICR,MSCquartets, HyDe, Patterson’s D-Statistic (ABBA-BABA), D3, and Dp。摘要里提到MSCquartets是最準(zhǔn)的。

群體選擇

- SweeD【群體內(nèi)選擇信號】SweeD--CLR選擇 - 知乎 (zhihu.com)

- XP-CLR