bowtie2是當(dāng)前最流行的短序列比對(duì)軟，SAM（SequenceAlignment/Map）格式是一種通用的比對(duì)格式，用來(lái)存儲(chǔ)reads到參考序列的比對(duì)信息SAM是一種序列比對(duì)格式標(biāo)準(zhǔn)， 由sanger制定，是以TAB為分割符的文本格式。

主要應(yīng)用于測(cè)序序列mapping到基因組上的結(jié)果表示，當(dāng)然也可以表示任意的多

重比對(duì)結(jié)果

SAM分為兩部分：注釋信息和對(duì)比結(jié)果

注釋信息以@開頭

@HD：說(shuō)明符合標(biāo)準(zhǔn)的版本。對(duì)比序列的排列順序

@SQ：參考序列說(shuō)明

@RG：比對(duì)上的序列（read）說(shuō)明

@PG：使用的程序說(shuō)明

@CO：任意的說(shuō)明信息

比對(duì)結(jié)果部分

每一行代表一個(gè)片段的比對(duì)信息，包括11個(gè)必須的字段和一個(gè)可選字段，字段之間用tag分割

11個(gè)必須字段：

1：比對(duì)片段（read）的編號(hào)

2.位標(biāo)識(shí)（flag）每一種數(shù)字代表一種情況，這里的值是符合情況的數(shù)字和

3.參考序列的編號(hào)，沒(méi)有比對(duì)上的序列，這里為 *

4.比對(duì)上的位置 從1開始計(jì)數(shù)，沒(méi)有比對(duì)上此處為0

5.MAPQ：mapping的質(zhì)量

6.CIGAR:簡(jiǎn)要比對(duì)信息表達(dá)式 以參考序列為基礎(chǔ)，使用數(shù)字加字幕表示比對(duì)結(jié)果

比如3S6M1P1I4M，前三個(gè)堿基被剪切去除了，然后6個(gè)比對(duì)上了，

然后打開了一個(gè)缺口，有一個(gè)堿基插入，最后是4個(gè)比對(duì)上了，是按照順序的

“M”表示 match或 mismatch；

“I”表示 insert；

“D”表示 deletion；

“N”表示 skipped（跳過(guò)這段區(qū)域）；

“S”表示 soft clipping（被剪切的序列存在于序列中）；

“H”表示 hard clipping（被剪切的序列不存在于序列中）；

“P”表示 padding；打開缺口

“=”表示 match；

“X”表示 mismatch（錯(cuò)配，位置是一一對(duì)應(yīng)的）

7.下一個(gè)片段比對(duì)上的參考序列的標(biāo)號(hào)，沒(méi)有另外的片段這里為 * ，同一個(gè)片段 =

8.下一個(gè)片段比對(duì)上的位置，如果不可用，此處為0

9.Template的長(zhǎng)度，最左邊得為正，最右邊的為負(fù)，中間的不用定義正負(fù)，

不分區(qū)段（single-segment)的比對(duì)上，或者不可用時(shí)，此處為0；

10.比對(duì)上的序列片段的序列信息，如果不存儲(chǔ)此類信息，此處為’*‘，

長(zhǎng)度=簡(jiǎn)要比對(duì)信息表達(dá)式算出來(lái)的結(jié)果

11.序列的質(zhì)量信息，格式同F(xiàn)ASTQ一樣