今天遇到一個非常棘手的問題，在用BiocManager安裝一個R包clusterProfiler時，需要我把R包更新到4.0以上的版本。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")
好吧，那我安裝了R版本也在Rstudio上切換到了4.0版本
1623914701(1).png
但還是遇到了問題：
Error: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
不存在叫‘DO.db’這個名字的程輯包
而這個“DO.db”也安裝不成功；
Error: package or namespace load failed for 'usethis':
package 'fs' was installed before R 4.0.0: please re-install it
這個問題看起來是我的library配置問題，用.libPaths查看一下
并沒有發(fā)現(xiàn)任何問題，這里第一個library是我的公共library，就是無論切換哪個版本的R，Rstudio都可以調(diào)用公共庫里的R包，
連帶著以前安裝過可以用的ggplot2和devtools都用不了：
經(jīng)過了各種谷歌查看，結(jié)合多人經(jīng)驗以及自己思路的理清，才摸索出一條正確的道路
首先，我查看了系統(tǒng)環(huán)境變量中R_LIBS一系列的配置，我才發(fā)現(xiàn)只配置了R_LIBS_USER，當然如何配置公共R的library是很久以前配置的有點忘了，但估計是我的電腦出現(xiàn)系統(tǒng)環(huán)境變量配置問題后一不小心刪除了另外兩個。
Sys.getenv("R_LIBS")
Sys.getenv("R_LIBS_USER")
Sys.getenv("R_LIBS_SITE")
于是這里又在Windows系統(tǒng)環(huán)境變量里重新配置了一下如下所示
在R里面確認一下
配置完后還是不能加載公共庫的包，是因為里面的包已經(jīng)變了，因此需要更新一下里面的所有包
update.packages(ask = FALSE, checkBuilt = TRUE)
最后成功了，耶~?。?/p>
今天又是無所事事，吐血的一天！??！
