火山圖解析

原始數(shù)據(jù)格式：

原始數(shù)據(jù)

>getwd()
>setwd("/Users/liruiting")
#install.packages("ggplot2")
>library(ggplot2)
>data<-read.table("ConvsTreat.protein.xls",sep="\t",header=T)
> pdf("volcano.pdf")
#定義“點(diǎn)”，修改’點(diǎn)‘的大小與透明度  參數(shù):size=,alpha=
> p <- ggplot()+geom_point(data,mapping=aes(x=log2(Con.vs.Treat.FC),y=-log10(Con.vs.Treat.Pvalue),color=Con.vs.Treat.UP.DOWN), size=2, alpha = 0.6)
#修改’點(diǎn)’的顏色(參數(shù)：scale_colour_manual)
> color=c("black","green","red")
> p<-p+scale_colour_manual(values=color)
#增加圖標(biāo)題和修改x與y軸的名稱
> p<-p+labs(title="Con.vs.Treat",x=expression(Log[2]*'Fold Change Con.vs.Treat'),y=expression(-Log[10]*'P value'))
#修改圖的背景
> p<-p+theme(panel.background = element_blank(),axis.line = element_line(colour = "black"))
#增加輔助線 
> p<-p+geom_hline(aes(yintercept=-log10(0.05)),linetype=2)+    geom_vline(aes(xintercept=log2(1.5)),linetype=2)+
 geom_vline(aes(xintercept=-log2(1.5)),linetype=2)
> p
> dev.off()

結(jié)果如圖：

火山圖

notes：
數(shù)據(jù)的讀取: read.table() “(路徑)文件名”，參數(shù) sep=“\t“(分隔符，默認(rèn)為空格) header=T(表格中第一行要不要為列名，設(shè)置為 TRUE時(shí)第一行作為列名)；讀取XXX.csv read.csv()函數(shù)sep分隔符默認(rèn)為逗號， header參數(shù)默認(rèn)為TRUE。
在使用R語言作圖時(shí)，有時(shí)需要在圖上標(biāo)注諸如求和、積分、上下 標(biāo)等數(shù)學(xué)符號，該操作可以通過expression函數(shù)完成。
linetype=2(短虛線) ，xintercept(函數(shù)圖形與X軸交點(diǎn)到原點(diǎn)的距離) yintercept(函數(shù)圖形與Y軸交點(diǎn)到原點(diǎn)距離)。