一、了解conda--“l(fā)inux的應(yīng)用商店”

些.png

二、下載conda

=》進(jìn)入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
=〉查看服務(wù)器是多少位的：【uname -a】
=》找到最新的64位版本
=〉右鍵-復(fù)制下載鏈接
=》登陸服務(wù)器，進(jìn)入昨天建好的biosoft目錄 【cd ~/biosoft】
=〉下載miniconda 【wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh】

三、安裝和配置miniconda

=》【bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh】直接bash Minixxx.sh，而不是http網(wǎng)址。
=〉回車跳過版權(quán)信息
=》提示安裝開始【“Do you accept the license terms? [yes|no]”】
=〉提示安裝成功【“Thank you for installing Miniconda3!”】
=》激活conda【source ~/.bashrc】
=〉成功激活【conda】后出現(xiàn)滿屏信息。
=》添加鏡像（所謂鏡像網(wǎng)站，相當(dāng)于主網(wǎng)站的副本，conda在國外，我們在國內(nèi)下載軟件速度會很慢，因此配置鏡像，從鏡像網(wǎng)站下載，可以加快下載速度。）
【conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes】

四、查看已安裝的軟件、搜索、安裝、卸載fastqc軟件

=》查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表 【conda list】
=〉安裝軟件fastqc 【conda install fastqc -y】（-y是yes，安裝過程中全部回答yes）
=》搜索conda數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc【conda search fastqc】
=〉卸載軟件fastqc【conda remove fastqc -y】

五、不同的生信實戰(zhàn)項目，需要定制conda的分身

=》查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境【conda info --envs】 (前面帶*的就是默認(rèn)的)
=〉處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，先建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic?！綾onda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y】
=》再次查看一下conda環(huán)境【conda info --envs】
=〉激活新的conda環(huán)境【conda activate rna-seq】
=》開始使用fastqc【fastqc】
=〉退出當(dāng)前環(huán)境【conda deactivate】