寫在前面
這個(gè)包最終還是有人做了，前面的微生物中Wen Tao&Yong Xin Liu在Protein & Cell IF 21.1中發(fā)表了The best practice for microbiome analysis using R建立了基于R語言微生物分析代碼庫EasyMicrobiomeR包。此包也是很收納了微生物中使用的R包和分析代碼。對于微生物分析同學(xué)來說確實(shí)是很實(shí)用。
現(xiàn)在對于轉(zhuǎn)錄組的分析，又有大佬整合了相關(guān)的分析，常使用的分析代碼和流程也收納在里面。作者也提供了詳細(xì)的流程，詳情可以到包的幫助文檔中查看。
EasyMicrobiomeR
論文網(wǎng)址：https://academic.oup.com/proteincell/advance-article/doi/10.1093/procel/pwad024/7147618?login=false
GitHub倉庫：https://github.com/taowenmicro/EasyMicrobiomeR
可實(shí)現(xiàn)的功能
轉(zhuǎn)錄組分子綜合包TOmicsVis
Github倉庫：https://github.com/benben-miao/TOmicsVis
幫助文檔：https://benben-miao.github.io/TOmicsVis/
可實(shí)現(xiàn)的功能
總結(jié)：常規(guī)分析是可以的完成的，預(yù)計(jì)作者后續(xù)還會(huì)不斷增加。
往期文章：
1. 最全WGCNA教程（替換數(shù)據(jù)即可出全部結(jié)果與圖形）
2. 精美圖形繪制教程
小杜的生信筆記，主要發(fā)表或收錄生物信息學(xué)的教程，以及基于R的分析和可視化（包括數(shù)據(jù)分析，圖形繪制等）；分享感興趣的文獻(xiàn)和學(xué)習(xí)資料!!
