本文包括作者的RDkit學(xué)習(xí)和使用經(jīng)驗(Windows10，其他操作系統(tǒng)沒有測試)
部分內(nèi)容轉(zhuǎn)載自中文教程和RDKit入門與進階教程（30篇）
推薦學(xué)習(xí)中文教程
Jupyter Notebook專用的rdkit工具
RDKit官網(wǎng)
英文教程The RDKit Book

一、安裝

1.1. 前置知識

• 已掌握Anaconda的安裝和基本使用
• 已掌握Python基本語法
• 已掌握J(rèn)upyper Notebook的使用
• 已掌握gtihub或者gitee的使用

1.2 安裝

建議安裝前配置國內(nèi)源

conda install rdkit

顯示提示，直接按“y”，RDKit安裝庫完畢

二、基礎(chǔ)教程

學(xué)習(xí)資源(內(nèi)含必需的示例文件)
Jupyter Notebook文件: base

• 克隆(使用git)或下載文件至本地
• 啟動Jupyter Notebook使用教程文件

2.1 讀寫分子模塊： rdkit.Chem模塊

RDKit 支持從Smiles、mol、sdf 文件中讀入分子獲得分子對象。 Smiles、mol 是通常用于保存單個分子；而sdf格式當(dāng)初是作為分子庫形式設(shè)計的。 因此讀入sdf得到的是分子迭代器,讀入Smiles 和mol 文件是分子對象?！D(zhuǎn)自中文教程/基礎(chǔ)教程, 英文

2.1.1. 分子讀入方法:

• 讀取*.smi文件方法： # smiCode表示分子的smiles碼
• 讀取*.mol文件方法： # molFilePath表示分子mol文件的本地路徑
• 返回一個對象

from rdkit import Chem 
m = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')  # m, 返回一個對象（object）

• 讀取*.sdf文件的方法： # sdFilePath表示分子集sdf文件的本地路徑
• 讀取*.smi文件的方法： # smiFilePath表示分子集smi文件的本地路徑
• 返回列表，支持索引操作和迭代操作

2.1.2. 分子讀入示例

smi='CC(C)OC(=O)C(C)NP(=O)(OCC1C(C(C(O1)N2C=CC(=O)NC2=O)(C)F)O)OC3=CC=CC=C3'
# 導(dǎo)入庫/模塊
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
mol = Chem.MolFromSmiles(smi)

print(type(mol))

# 模塊已經(jīng)導(dǎo)入，此處不再導(dǎo)入
m = Chem.MolFromMolFile('data/invalid.mol')

suppl = Chem.SDMolSupplier('data/5ht3ligs.sdf')

suppl = Chem.SmilesMolSupplier('data/5ht3ligs.smi')

2.1.4 分子寫出方法

• RDKit 可以把分子對象保存成Smiles、molBlock、mol文件
  
• 輸出canonical smiles文件(*.smi)： # m, mol分子對象
• 輸出含Kekule形式的smiles文件，先對分子進行Kekulize，然后使用“ kekuleSmiles”選項
  # 將mol對象進行Kekulize轉(zhuǎn)換
  # 將mol對象轉(zhuǎn)換為含Kekulize格式的simles文件