PlaceMyFossils: An Integrative Approach to Analyze and Visualize the Phylogenetic Placement of Fossils Using Backbone Trees
一種使用主干樹分析和可視化化石系統(tǒng)發(fā)育位置的綜合方法
Systematic Biology
https://doi.org/10.1093/sysbio/syaf025
發(fā)布日期：2025 年 4 月 17 日

近年來，人們對(duì)使用形態(tài)學(xué)來確定物種在分子數(shù)據(jù)衍生的系統(tǒng)發(fā)育樹上的位置越來越感興趣。這與最近滅絕的物種或化石物種有關(guān)，它們通常僅由碎片形態(tài)表示。在后一種情況下，使用骨干樹的約束分析也被證明有助于評(píng)估碎片標(biāo)本在來自形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)的系統(tǒng)發(fā)育樹上的位置。因此，幾個(gè)可用的系統(tǒng)發(fā)育程序現(xiàn)在包括運(yùn)行約束搜索的函數(shù)。然而，在現(xiàn)有的分析工具中，并不容易獲得對(duì)所獲結(jié)果的全面評(píng)估。在這里，我們提出了一種綜合方法——PlaceMyFossils——專門設(shè)計(jì)用于 （1） 徹底評(píng)估給定查詢物種（尤其是化石）在參考樹上的系統(tǒng)發(fā)育位置，（2） 確定哪些字符和字符分區(qū)與定義系統(tǒng)發(fā)育位置最相關(guān)，（3） 評(píng)估結(jié)果的置信度，以及 （4） 定義放置查詢物種的最佳分析條件。PlaceMyFossils 結(jié)合了作為 TNT（使用新技術(shù)的樹木分析軟件）的交互式腳本實(shí)現(xiàn)的多項(xiàng)分析，TNT 是一種流行的免費(fèi)系統(tǒng)發(fā)育軟件，廣泛用于古生物學(xué)研究。最后，我們使用來自針葉樹和恐龍的兩個(gè)不同的經(jīng)驗(yàn)數(shù)據(jù)集演示了其效用并研究了 PlaceMyFossils 與其他可用工具相比的性能。雖然該工具主要用于處理化石，但在推進(jìn)形態(tài)學(xué)和分子系統(tǒng)學(xué)方面也具有巨大潛力。它為旨在整合分子和形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)的實(shí)證系統(tǒng)論者提供了強(qiáng)大的資源。鑒于人們對(duì)形態(tài)進(jìn)化作為進(jìn)化過程和多樣化驅(qū)動(dòng)因素的補(bǔ)充視角的興趣日益濃厚，這一點(diǎn)尤其重要。