一、表型鑒定與記錄的基本原則和原始數(shù)據處理
基因型分型
基因型分型（英語：genotyping）是一個通過生物檢定法檢測某一個體的DNA序列，并對比參照其他個體的基因型或序列的過程，可用于顯示該個體等位基因從其父母遺傳而來的情況. 通常，基因型分型利用DNA序列定義群體信息，而不涉及定義該個體的基因。
1、各類性狀的特點及鑒定與考察建議
2、表型的基本處理（第一步）
3、表型的基本分析（第二步）
遺傳力
遺傳力又稱遺傳率，指遺傳方差在總方差（表型方差）中所占的比值，可以作為雜種后代進行選擇的一個指標。遺傳力分為廣義遺傳力和狹義遺傳力。數(shù)量性狀受到環(huán)境因素的影響很大，那么表型的變異可能有遺傳的因素，也有環(huán)境的因素，甚至還有環(huán)境和遺傳相互作用的因素。
性狀影響
例如15℃時基因型AA的植物平均高度為40cm，而基因型Aa型的植物僅有35cm高；但是在30℃時情況就不同了，AA植株的平均高度為55cm，而Aa型植株反長得更高，為60cm。同一種基因型在不同的溫度下表型不同，這一變異是由環(huán)境引起的，所產生的方差稱環(huán)境方差（VE）；在同樣的溫度下，不同基因型的高度不同，這一表型變異是遺傳因子所引起的，所產生的方差稱遺傳方差。在任何的溫度下，植物的表型既受到溫度的影響，又受到遺傳因素的影響，這種影響產生的方差稱環(huán)境和遺傳的協(xié)方差。
表型是由遺傳和環(huán)境共同作用的結果，可以下式表示。
P=G+E
遺傳力
若以方差表示：
對于一個表型的變異究竟是遺傳因子起主要作用還是環(huán)境因子起主要作用呢？為了解答這個問題人們又引入一個概念叫遺傳力（heritability）。遺傳力表明某一性狀受到遺傳控制的程度。它介于0與+1之間，當?shù)扔?時表明表型變異完全是由遺傳的因素決定的，當?shù)扔?時表型變異由環(huán)境所造成。
REML 方法
限制最大似然 (REML) 方法
這里是遺傳方差
BLUP
最佳線性無偏預測(best linear unbiased prediction， 簡稱BLUP)，是統(tǒng)計學上用于線性混合模型對隨機效應進行預測的一種方法。隨機效應的最佳線性無偏預測（BLUP）等同于固定效應的最佳線性無偏估計（best linear unbiased estimates, BLUE)
BLUP（best linear unbiased prediction）在育種中是指根據多次觀測的結果，使用線性無偏估計的方法，去掉環(huán)境差異的影響，估計出由遺傳因子決定部分，估計出的值我們常稱為育種值（Estimated breeding value，EBVs），相比于均值，EBVs去除了環(huán)境差異導致的差異，所以更能代表該性狀。但如果我們需要考慮基因型與環(huán)境互作時（G by E），則應該用多年多點觀測的結果分別分析然后綜合比較。
其他相關解釋
關于BLUP方法的幾點說明
動物育種核心算法BLUP介紹（公式版）
二、標記的開發(fā)和分型
現(xiàn)在已經不推薦使用基因型填補了
非人類數(shù)據針對called genotype常用的方是KNN（就是根據附近K個位點的信息進行填補），最近用在低深度重測序中的是stitch（https://github.com/rwdavies/STITCH），想了解具體原理可以看對應的文獻。一般填補是用在大樣本極地深度的測序項目中，現(xiàn)在測序一般都能測5-10X，這個深度對于比較純的自交系來說，這個深度已經不算低了，對于雜合位點比例比較高的群體材料，這個深度可能不夠，但是填補也不準確。
在水生動物里面基本不用，雜合較多。
水生動物就需要選擇 10X
哈迪-溫伯格定律
“哈迪-溫伯格定律”是指在理想狀態(tài)下，各等位基因的頻率在遺傳中是穩(wěn)定不變的，即保持著基因平衡。該定律運用在生物學、生態(tài)學、遺傳學。條件：①種群足夠大；②種群個體間隨機交配；③沒有突變；④沒有選擇；⑤沒有遷移；⑥沒有遺傳漂變。
例如：當?shù)任换蛑挥幸粚Γˋa）時， 設基因A的頻率為 p，基因a的頻率為q，則A+a=p+q=1，AA+Aa+aa=p2+2pq+q2=1 。哈迪-溫伯格平衡定律（Hardy-Weinberg equilibrium） 對于一個大且隨機交配的種群，基因頻率和基因型頻率在沒有遷移、突變和選擇的條件下會保持不變。
