1、目的，把.bed .bim 和 .fam轉換成 .ped 和.map (轉換后原文件仍是保留的哦)

2、第一次操作：（參考：一文掌握Plink文件格式轉換 - 知乎 (zhihu.com)）這里介紹了很多哦~

.bed .bim 和 .fam文件名：input_file.bed? ? ?input_file.bim? ? ?input_file.fam

plink版本：1.07

命令：plink安裝路徑/plink --bfile ./input_file --recode --out output_file --noweb

(-noweb：Skippingweb check;? --recode 轉換文件格式)

遇到的報錯：ERROR: Problem reading BIM file, line 1

嘗試過的解決方法：①檢查bim文件格式 ②用vim看bim文件首行是否有多余的空格等 ——都沒有問題...

3、第二次操作

.bed .bim 和 .fam文件名：input_file.bed? ? ?input_file.bim? ? ?input_file.fam

plink版本：2

命令：plink安裝路徑/plink --bfile ./input_file --recode --out output_file --noweb

遇到的報錯：Error: Invalid chromosome code 'chr1A' on line 1 of .bim file.?(Use --allow-extra-chr to force it to be accepted.)

4、第三次操作

其余不變

命令：plink安裝路徑/plink --bfile ./input_file --recode --out output_file --noweb?--allow-extra-chr

成功。

這里的.bed .bim 和 .fam文件，不知道為什么會有額外的chr！....懵逼，雖然我用的是現(xiàn)成的這三個文件，但是網(wǎng)上看這三個文件應該也是由別的文件一起轉化來的？那怎么會某個文件有額外的chr呢？有大神也解釋一下么？

另外plink2的報錯比plink1.07的好了太多，還提供了解決方法，在想到用plink2之前，我在網(wǎng)上搜了好久，都沒找到解決方法，哎.......

另外看到有的網(wǎng)頁上說的是把.bed 轉換成 .ped 和.map（命令一樣），于是在遇到上述報錯的時候，我也嘗試把--bfile ./input_file改成?--bfile ./input_file.bed ，然后報錯說沒有.bim 和.fam文件。所以我這樣魔改是不對的哦~