1 VCF格式文件為Plink文件
參考：https://cloud.tencent.com/developer/article/1556166
2 plink轉(zhuǎn)vcf
plink1.9版本支持轉(zhuǎn)化為VCFv4.2格式
plink2.0版本支持轉(zhuǎn)化為VCFv4.3格式
兩個版本用到的命令不一樣
對于plink1.9版本，轉(zhuǎn)化為vcf文件的命令行為：
plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf
生成的vcf為4.2版本
對于plink2.0版本，轉(zhuǎn)化為vcf文件的命令行為：
plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf
生成的vcf為4.3版本
參考：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/8574237.html
3 plink轉(zhuǎn)vcf
3.1 plink --bfile test_1 --recode vcf --out test_vcf ###這樣就把plink(二進制)文件轉(zhuǎn)換成vcf格式了
3.2 plink --file test_1 --recode vcf --out test_vcf ### 直接map ped文件轉(zhuǎn)為vcf格式
鏈接：http://www.itdecent.cn/p/8b4e7b3b7f5e
4 PLNIK 的多種文件格式轉(zhuǎn)換
vcf 轉(zhuǎn)為 ped/map
使用vcftools
vcftools --vcf snp.vcf --plink --out snp
使用plink
plink --vcf snp.vcf --recode --out snp
ped和map文件是Plink的基本格式。
ped文件包含以下幾列：
第一列：Family ID。
第二列：Individual ID。自然群體這列和Family ID是一樣的。
第三列：Paternal ID。未提供信息的話這列為0。
第四列：Maternal ID。未提供信息的話這列為0。
第五列：Sex。未提供信息的話這列為0。
第六列：Phenotype。一般來說，直接拿vcf轉(zhuǎn)換的話這列為-9，也就是缺失。
第七列開始就是個體在每個標記位點的基因型。
map文件包含以下幾列：
第一列：染色體編號。
第二列：SNP編號。
第三列：遺傳距離。未提供信息的話這列為0。
第四列：物理位置。
ped/map 與 tped/tfam 格式互換
ped/map轉(zhuǎn)換為tped/tfam
plink --file snp --recode --transpose --out snp_test
tped/tfam轉(zhuǎn)換為ped/map
plink --tfile snp_test --recode --out snp
ped/map 與 bed/bim/fam互換
ped/map轉(zhuǎn)換為bed/bim/fam
plink --file snp --make-bed --out snp_test
bed/bim/fam轉(zhuǎn)換為ped/map
plink --bfile snp_test --recode --out snp
tped/tfam 與 bed/bim/fam互換
tped/tfam轉(zhuǎn)換為bed/bim/fam
plink --tfile snp --make-bed --out snp_test
bed/bim/fam轉(zhuǎn)換為tped/tfam
plink --bfile snp_test --recode --transpose --out snp
bed/bim/fam 轉(zhuǎn)為 vcf
bed/bim/fam 轉(zhuǎn)為 vcf
plink --bfile snp --export vcf --out snp_test
常用的Plink格式轉(zhuǎn)換就是這些，大家可以根據(jù)自己實際需要相互轉(zhuǎn)換。
染色體的設(shè)置
因為PLINK默認的設(shè)置是人的染色體， 所以動物中，我們應(yīng)該設(shè)置
--chr-set 19 # 豬
已有的選擇：
--cow
--dog
--horse
--mouse
--rice
--sheep
參考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/109071456
