前言
昨天已經(jīng)開始入門Linux的一些基本操作命令了，今天繼續(xù)Linux的軟件安裝。
什么是Conda
- conda是一款軟件管理軟件，相當(dāng)于windows里面的應(yīng)用商店。miniconda和anaconda中都包含了conda。miniconda windows 64位安裝包大小為51.4 Mb，只包含了conda、python、和一些必備的軟件工具anaconda windows 64位安裝包大小為462 Mb，是miniconda的擴(kuò)展，包含了數(shù)據(jù)科學(xué)和機(jī)器學(xué)習(xí)要用到的很多軟件。
下載miniconda
打開清華大學(xué)的鏡像站https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/，進(jìn)入miniconda下載目錄，可以看到不同系統(tǒng)的下載版本。
Miniconda下載目錄.png
下面，讓我康康我們的云服務(wù)器是什么系統(tǒng)。命令為 uname -a
bio16@VM-0-6-ubuntu:~$ uname -a
Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
很明顯為X86_64?。。?/em>那我們就選擇對(duì)應(yīng)的系統(tǒng)進(jìn)行下載。
進(jìn)入biosoft目錄，開始下載。
bio16@VM-0-6-ubuntu:~$ cd biosoft
bio16@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ pwd
/home/bio16/biosoft
bio16@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh
貌似下載成功
貌似下載成功.png
安裝miniconda
代碼為bash Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh，Bash英文翻譯為進(jìn)入子程序，
bash Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh
期間一直enter，然后yes即可安裝。
貌似安裝成功
貌似安裝成功.png
激活miniconda
命令為source ~/.bashrc再輸入conda
(base) bio16@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
(base) bio16@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda
貌似激活成功
貌似激活成功.png
添加鏡像
以下為代碼
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
1.查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
命令為conda list
(base) bio16@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda list
2. 搜索conda軟件（以fastqc為例）
命令為conda search fastqc
(base) bio16@VM-0-6-ubuntu:~$ conda search fastqc
Loading channels: failed
搜索幾次都失敗，老師說不管了，直接安裝。
3. 安裝軟件
命令為conda install fastqc -y
(base) bio16@VM-0-6-ubuntu:~$ conda install fastqc -y
一系列代碼后，貌似安裝成功了。
貌似安裝成功.png
4.卸載軟件
命令為conda remove fastqc -y
(base) bio16@VM-0-6-ubuntu:~$ conda remove fastqc -y
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
思維圖
Linux系統(tǒng)的軟件安裝.png
