上次給大家簡單分享了GWAS分析一些簡單術(shù)語及相關(guān)事件（http://www.itdecent.cn/p/67e1878845e3）。

今天給大家分享一下如何使用已有的GWAS分析結(jié)果畫曼哈頓圖，剛開始，先不給大家講具體分析流程和GWAS原理，我們先畫圖，增強(qiáng)一下自己信心，等畫完圖，我們再一步步從頭開始講具體GWAS分析所需要的文件，軟件，模型以及注意事項(xiàng)。

話不多說，進(jìn)入正題，今天畫曼哈頓圖我們用到的工具是一個(gè)R包--qqman。

第一步：安裝，加載R包

BiocManager::install("qqman") #利用BiocManager安裝
library("qqman") #加載R包

第二步：查看示例文件及數(shù)據(jù)

data(package="qqman")  #查看qqman包中的測試數(shù)據(jù)，此包中包gwasResults 和snpsOfInterest 兩個(gè)測試數(shù)據(jù)

image.jpeg

head(gwasResults)  #查看gwasResults的數(shù)據(jù)格式

image.jpeg

dim(gwasResults) #查看有多少個(gè)標(biāo)記

image.jpeg

gwasResults包括模擬的分布于22條染色體上的16470個(gè)標(biāo)記，數(shù)據(jù)格式包括四列。
第一列為SNP(標(biāo)記名稱)
第二列為CHR(染色體ID)
第三列為BP(標(biāo)記位置)
第四列為P（顯著性水平）

as.data.frame(table(gwasResults$CHR)) #查看每條染色體上標(biāo)記數(shù)目

image.jpeg

head(snpsOfInterest)#查看snpsOfInterest的數(shù)據(jù)格式

image.jpeg

在曼哈頓圖中顯示為高亮的標(biāo)記。

第三步：做圖
我們先畫一個(gè)最基本的曼哈頓圖

Manhattan(gwasResults)

manhattan_1.jpeg

將不同染色體設(shè)置不同顏色，并設(shè)置標(biāo)題。

manhattan(gwasResults, main = "Manhattan Plot", ylim = c(0, 10), cex = 0.6, cex.axis = 0.9, 
          col = c("blue", "orange"), suggestiveline = F, genomewideline = F, chrlabs = c(1:20, "F", "M")) 
#main:更改標(biāo)題， ylim: y軸范圍, cex:調(diào)整點(diǎn)的大小，col:調(diào)整顏色， suggestiveline 和genomewideline分別為建議閾值和軟件計(jì)算出的閾值，chrlabs：染色體ID

manhattan_2.jpeg

我們也可以單獨(dú)畫任意一條染色體的曼哈頓圖

manhattan(subset(gwasResults,CHR == 3), suggestiveline = F, genomewideline = F)

chr3.jpeg

在曼哈頓圖中展現(xiàn)高亮的標(biāo)記。

manhattan(gwasResults, highlight = snpsOfInterest)

manhattan_4.jpeg

畫某條染色體的局部圖，這里我們畫的是200-500之間所有的標(biāo)記。

manhattan(subset(gwasResults, CHR == 3), highlight = snpsOfInterest, 
          xlim = c(200, 500), main = "Chr 3",suggestiveline = F)

manhattan_5.jpeg

將P值小于0.001的標(biāo)記名稱標(biāo)注在曼哈頓圖上。

manhattan(gwasResults, annotatePval = 0.001, suggestiveline = F)

manhattan_6.jpg

另外，這個(gè)R包也可以畫QQ-圖。

qq(gwasResults$P)

QQ_plot.jpeg

今天關(guān)于使用qqman做圖的分享就到這里，是不是很簡單。有沒有想馬上進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，畫出自己的曼哈頓圖呢？下期見。

參考：
1.https://cran.r-project.org/web/packages/qqman/index.html
2.Turner, (2018). qqman: an R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots. Journal of Open Source Software, 3(25), 731, https://doi.org/10.21105/joss.00731.