森言森語
TBtools是一款優(yōu)秀的生物信息學(xué)軟件，也是我最早接觸的生物信息學(xué)軟件。從接觸到現(xiàn)在差不多一年，邊使用，邊積累，算是學(xué)習(xí)路上的一款啟蒙軟件。
有幸在我寫公眾號記錄分子生物學(xué)實驗原理和生物信息學(xué)一些小技巧的過程中，得到CJ多次鼓勵和支持。TBTools更新頻率之快，以至于很多新添加的功能我都不知道。
其實早在年初還在家的時候，就已經(jīng)寫過一些推文介紹過一些功能，后來陸陸續(xù)續(xù)又寫了一些。但總感覺有缺憾，尤其前段時間寫了一篇《基因家族分析》的萬字長文，本來目錄寫的好好的，無奈最后還是爛尾了，到最后只得東拼西湊拿以前的推文堆砌。想要完整的完善那篇推文亦力不從心。畢竟現(xiàn)在TBtools的功能越來越多，幾天不用就有新的功能。
就目前來看，想要系統(tǒng)介紹TBtools的全部功能，肯定是一個浩大的工程。在我最初使用的時候，功能還是不是特別多，那時候還見過幾位前輩寫的《TBtools使用手冊》，后來就很少見了。
今天我也不可能窮盡全部功能。TBtools作為一款集成了豐富功能的生物信息學(xué)軟件，我覺得完全可以作為我們?nèi)粘嶒炦^程中的輔助工具。對于不習(xí)慣使用命令行操作的大多數(shù)碩博士研究生而言，這款軟件無疑是神器。
下面就自己的使用經(jīng)驗，寫一篇正確打開TBtools的經(jīng)驗貼，俗話說，授人以魚不如授人以漁嘛。順便為剛接觸軟件的新手拋轉(zhuǎn)。
1 界面介紹
- sequence toolkit：序列操作
- blast：序列比對
- GO&KEGG：功能注釋
- graphics：繪圖
- others：大雜燴的功能都在這里
- games：其實是一個彩蛋
想要什么功能就在對應(yīng)的模塊下面尋找即可。但現(xiàn)在TBtools少說也有幾百個功能了，這對于新手來說卻是麻煩，所以如果從別人寫的教程里面看到的功能。自己卻找不到對應(yīng)功能的時候，就從以下三個方面考慮解決：
- 首頁搜索
- 更新到最新版
- 在插件商店尋找
2 注意事項
TBTools的主菜單功能一般不會出錯，如果出錯，大概率是自己輸入文件格式不對。這是新手最常遇到的問題。
- 輸入文件格式錯誤的情況下點擊1000次start也還是黑框報錯。所以，一旦報錯，首先考慮檢查輸入文件格式是否正確，gene ID是否對應(yīng)等情況。
- TBTool大多數(shù)功能的名稱就是該功能的一句話描述，所以很好找，一般不會迷路。問題還是出在輸入文件上。大多數(shù)情況下TBtools每一個輸入窗口的上方都有對輸入文件格式的簡要描述，輸入文件前首先需要核對格式。輸出窗口通常也有簡要說明，什么時候需要設(shè)置輸出文件名，什么時候又只需要設(shè)置輸出路徑。比如下面這樣，就閉著眼睛輸入就好。
- 如果在輸入文件格式完全沒問題的情況下，小概率是TBtools在更新過程中出了bug，在社群交流就好，通常會被很快修復(fù)。新手一般不會遇到這個問題，所以還是一定要首先考慮自己輸入文件格式是否正確。
- TBtools幾乎所有的功能使用邏輯都是一致的，即IOS：Input、Output、start。如果熟練使用5-6個不同的功能，相信幾乎所有的功能都能信手拈來，這也就在很大程度上減少了使用成本。畢竟，TBtools的目的不就是為廣大非生物信息學(xué)專業(yè)的研究生們提供便利么。
3 牛刀小試
通過以上簡要介紹，相信對TBTools的使用策略就有基本認(rèn)識了。下面就簡單舉幾個栗子實際操作一下。
3.1 序列下載
這個功能我以前很少用，但是剛才在寫推文前，瀏覽了一遍菜單欄，感覺有趣，就試了一下，很不錯。正好最近從一篇文獻(xiàn)中下載了PR蛋白accession number。其實我早在NCBI下載過了，但是相對還是麻煩。下面使用TBTools試試。
3.2 ID 簡化
可以看到這里的gene ID包含description information，就很煩，通常我們只需要很簡單的ID就好了?？ò粗娣?。
3.3 一步構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹One step build a ML tree
我這里之前還下載了PR蛋白的氨基酸序列，一步操作建個樹試試看。
4 資源獲取
今天沒有詳細(xì)堆砌功能介紹，而是就使用策略簡單寫一點磚頭。TBtools功能那么多，去哪里獲取詳細(xì)教程呢。
包括《生信藥丸》在內(nèi)的很多公眾號都在寫TBTools的教程，所以，基本上大多數(shù)功能的使用方法都在微信搜一搜可以找到。
結(jié)語
軟件確實是方便了我們。但是很多事都不簡單，做科研嘛，哪兒有什么捷徑。只有穩(wěn)扎穩(wěn)打扎扎實實才能一步一個腳印。對于上述的一步建樹法，很完美的做到了輸入未比對的氨基酸序列，然后輸出樹文件。但是個中道理還有必要花些時間了解一下，萬一開題答辯的時候被答辯老師問呢？
另外經(jīng)常遇到的問題是共線性分析的問題，很多時候不明白共線性分析的目的和根本邏輯，分析了一大堆，做了個圓圓的圈圖，有啥用呢？萬一畢業(yè)答辯被老師問及，怎么解釋呢？
引用
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