1 PDB網(wǎng)站（https://www.rcsb.org/）下載需要蛋白結(jié)構(gòu)；
2 以PDB ID 2QMJ 人體葡萄糖淀粉酶為例，查看蛋白名稱、來(lái)源和分辨率大小、配體信息等；該蛋白的配體主要為阿卡波糖ACR，記錄蛋白位置有利于下一步對(duì)接口袋的選擇；
3 下載該蛋白的PDB格式，應(yīng)用Pymol軟件觀察蛋白和配體結(jié)構(gòu)；
4 最上面一行分別為蛋白序列、配體序列以及水分子，可以提前將水分子刪除，或者在預(yù)處理階段去除都可以；
5 觀察有幾條鏈，多條鏈一般都是對(duì)稱的，一般只保留其中的一條鏈就好；
6 將蛋白轉(zhuǎn)換成 卡通 模式，便于觀察酶結(jié)構(gòu)和配體結(jié)構(gòu)；
7找到配體位置，將其設(shè)置為stick模式，將配體設(shè)置成為一個(gè)新對(duì)象；
8分別將蛋白結(jié)構(gòu)和配體結(jié)構(gòu)保存為PDB格式，備用；
至此蛋白和共結(jié)晶配體的準(zhǔn)備階段基本完成 后面還會(huì)繼續(xù)對(duì)vina分子對(duì)接進(jìn)行介紹 希望大家方便大家 喜歡就關(guān)注木初 如有問(wèn)題 可以下方留言?
