報(bào)錯(cuò)詳情

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java.lang.IllegalArgumentException: java.lang.IllegalArgumentException: Sample 12 has an inconsistent number of alleles. The first genotype is diploid, but the genotype at position 1:8271179 is haploid

報(bào)錯(cuò)查詢

根據(jù)報(bào)錯(cuò)提示定位樣本12的1:8271179 SNP

grep "8271179" microbiome.1150.snp_dp3_indv30_maf5.jianhua.rechr.resions27.vcf |cut -f 433

結(jié)果如紅色方框所示，這里本該是'./.'，但這里應(yīng)該是在簡(jiǎn)化vcf過程中出了問題

解決方案

替換該位點(diǎn)“.”為“./.”，同時(shí)注意到第三列SNPID也是單獨(dú)的“.”，為此僅替換從SNP列（第十列）之后的單獨(dú)“.”。轉(zhuǎn)換之后SNP之間大概率會(huì)以空格分割，應(yīng)轉(zhuǎn)為Tab分割，命令行如下：

awk '{for(i = 1; i <= NF; i++) if(i >= 10 && i <= 1160 && $i == ".") {$i = "./."} {print $0}}' test.vcf | tr -s ' ' '\t' > test.useimputation.vcf

運(yùn)行Beagle填充

java -Xmx102400m -jar beagle.22Jul22.46e.jar gt=test.useimputation.vcf out=test.Imputation

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