一文教你快速完成多物種蛋白序列比對及進(jìn)化樹構(gòu)建！
當(dāng)我們研究一個(gè)蛋白時(shí)，探索其在不同物種間的保守性很關(guān)鍵。這不僅能幫助我們理解蛋白的功能和進(jìn)化歷史，還能為進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)提供線索，如保守性等。在本期文章中，我們將教你如何通過Uniprot網(wǎng)站，快速完成多物種蛋白序列比對和進(jìn)化樹構(gòu)建。無需下載任何工具，全程在線完成，簡單高效！?
步驟一：打開Uniprot并檢索目標(biāo)蛋白
打開uniprot網(wǎng)站：https://www.uniprot.org/ 輸入你的目標(biāo)蛋白名稱。例如，我們以 T2R41 為例。直接點(diǎn)擊 Search 按鈕開始檢索。
步驟二：選擇物種
Uniprot會返回多個(gè)物種中T2R41的蛋白序列信息。你可以看到人類、小鼠、大鼠、猩猩等多個(gè)物種的蛋白數(shù)據(jù)。
我們選擇5種物種進(jìn)行分析，如下圖：
步驟三：進(jìn)入Align工具
在Tools中選擇Align工具并點(diǎn)擊
進(jìn)入比對界面后，Uniprot會自動填入你選擇的5條蛋白序列。你可以檢查是否全部正確，同時(shí)可以在序列名稱前的>號后自定義名稱，方便后續(xù)結(jié)果的展示更加直觀。
確認(rèn)無誤后，點(diǎn)擊 Align 5 sequences，進(jìn)入比對任務(wù)提交。
步驟四：查看比對結(jié)果
任務(wù)完成后，會顯示Completed，點(diǎn)擊頁面中的藍(lán)色鏈接進(jìn)入結(jié)果頁面。
進(jìn)入比對界面后，可以看到比對結(jié)果，比對結(jié)果頁面非常直觀，可以看到這幾種物種間蛋白序列的保守性。某些氨基酸位點(diǎn)在所有物種中完全一致，這提示它們可能具有重要的功能作用。
步驟五：探索進(jìn)化樹和其他信息
除了序列比對結(jié)果外，Uniprot還提供了進(jìn)化樹、Percent Identity Matrix、運(yùn)行參數(shù)等結(jié)果和信息：
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進(jìn)化樹：直觀展示蛋白在不同物種間的進(jìn)化關(guān)系。
圖片.png
2.Percent Identity Matrix：顯示物種間蛋白序列的相似性百分比，便于快速比較。
步驟六：下載比對結(jié)果
Uniprot支持將比對結(jié)果下載到本地，方便保存和后續(xù)分析。點(diǎn)擊 Download 按鈕，會彈出多種下載選項(xiàng)。
下載選項(xiàng)提供了多樣的下載選項(xiàng)，可以下載FASTA比對結(jié)果序列。
小結(jié)
通過Uniprot網(wǎng)站，我們可以快速完成多物種蛋白序列比對，不僅能直觀了解目標(biāo)蛋白的保守性，還能獲得進(jìn)化樹和相關(guān)分析信息。這種方法操作簡便，特別適合希望快速獲取比對結(jié)果的科研人員。
如果你對比對結(jié)果的美化和高質(zhì)量呈現(xiàn)感興趣，請持續(xù)關(guān)注我們。在下一期，我們將深入講解如何使用專業(yè)工具調(diào)整序列比對結(jié)果，使其符合SCI文章發(fā)表的標(biāo)準(zhǔn)，敬請期待！
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