發(fā)簡信
IP屬地：浙江
-
解決報錯：awk: .//scripts/common/chimeric_sam.awk: line 50: illegal reference to local variable array
最近服務(wù)器系統(tǒng)被我搞崩了，換了塊更好的固態(tài)硬盤，重新裝了一個ubuntu系統(tǒng)。然后我在服務(wù)器上面運行juice（3D-DNA流程掛載染色體用到的...
-
基于nanopolish的分析結(jié)果得到劃分窗口全基因組甲基化水平文件
我最近基于nanopore的數(shù)據(jù)進行全基因組5mC甲基化分析，具體是基于王順老師編寫的腳本進行分析（https://gitee.com/wang...
-
TBtools修復(fù)基因注釋文件的方法一現(xiàn)在，基因組測序和組裝的價格已經(jīng)降到了很多科研團隊都能負擔(dān)的水平，因此，很多物種的基因組序列都被測定并公開了。同時，描述這些基因結(jié)構(gòu)的文件，比...
-
`GLIBCXX_3.4.26' not found解決辦法本人最近在進行基因注釋時，本想用mamba安裝一下braker，卻沒想到以前一向好用的mamba軟件居然反常地報錯了…… 本著做生信一定要學(xué)會使...
-
基于Python程序給fa文件基因ID批量添加前綴的方法
鑒于在生物信息分析過程中，有些時候我們的輸入/輸出的fasta格式文件的基因ID經(jīng)常會雜亂無章，不知道屬于哪個物種或者哪個類別。因此，我寫了一...
-
使用UpSetR軟件包繪制Upset圖的方法本人最近在做比較基因組學(xué)分析的時候，發(fā)現(xiàn)用韋恩圖來表示共有、特有的基因家族雖然直觀，但一旦物種數(shù)目增多，就會變得不好看。于是，我?guī)熜痔嶙h可以用U...
-
注釋文件無法提取最長轉(zhuǎn)錄本的解決方法我最近在做比較基因組學(xué)分析的過程中遇到了一個問題，就是從數(shù)據(jù)庫中下載到的注釋文件，明明是gff3格式，卻無法按照常規(guī)方法提取最長轉(zhuǎn)錄本。注釋文...
-
根據(jù)突變速率進行EDTA結(jié)果的LTR插入時間換算
EDTA是一個非常好的轉(zhuǎn)座子注釋流程，并且它有一個功能是可以根據(jù)突變速率推算LTR插入時間。然而，這個軟件如果不設(shè)置參數(shù)--u的話，會使用禾本科...
-
解決ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement pygtftk (from versions: none)
pip版本過低導(dǎo)致 python -m pip install --upgrade pip